심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2019~2024사업연도 법인세 및 법인지방소득세 신고 시 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하  "장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 고용노동부장관에게 납부한 장애인 고용부담금 합계 OOO원(이하  "쟁점부담금”이라 한다)을 손금에 산입하지 않았다가, 2025.2.25. 및 2025.2.26. 쟁점부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하지 않는다고 보아 이를 손금에 산입하여 2019~2024사업연도 법인세 합계 OOO원 및 2019~2021사업연도 법인지방소득세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 처분청들에게 각각 하였다.

나. 처분청들은 쟁점부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당한다거나 법인세 과세표준 및 세액이 경정되지 않았다는 이유로 2025.4.22.~2025.5.13. 청구법인의 위 경정청구에 대해 각각 거부통지를 하였다.

＜표1＞ 이 건 경정청구 및 거부통지 내역

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청들 의견

가. 청구법인 주장

(1) 장애인 고용부담금은 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적 (특별)부담금’의 성격을 가지고 있다.

헌법재판소는 장애인 고용부담금은, 사회연대책임의 이념을 반영하여 장애인의 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 아니하는 사업주 간에 평등하게 조정하고, 실업 중인 장애인의 고용촉진을 위해 장애인을 새로이 고용하는 사업주가 작업설비 등의 개선을 위하여 지는 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동갹출금이고, 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적 (특별)부담금’의 성격이 강하다는 입장이다(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 결정 등).

서울행정법원은 마찬가지로 장애인 고용의무제도의 실효성 확보수단으로서 가장 강력한 수단으로 평가되는 장애인 고용부담금 제도는 고용률을 하회하는 사업체의 사업주로부터 기금을 납부받아 고용률을 초과해서 장애인을 고용한 사업주에게 고용지원금을 지급함으로써 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화하자는 것이므로, 장애인 고용부담금은 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적 (특별)부담금’의 성격이 강하다고 판시하였고, 서울고등법원도 이를 인용하였다(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757판결, 서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325판결).

실제로, 장애인 고용부담금은 장애인고용법 제68조에 따라 설치되는 ‘장애인 고용촉진 및 직업재활 기금’(이하  "기금”이라 한다)의 주요 수입원이 되고, 이러한 기금은 의무고용률을 넘어 장애인을 고용하는 사업주에게 지급되는 장애인 고용장려금 등 장애인 고용 확대를 위한 지원금 및 장애인 취업지원 등의 용도로 사용된다는 점에서, 장애인 고용부담금은 장애인 고용 촉진을 실효성 있게 확보하는 수단으로 기능하고 있다.

특히, 실제 기금을 관리하고 장애인직업사업을 수행하는 A의 홈페이지에서도 장애인 고용부담금이 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 않는 사업주의 경제적 부담을 평등하게 조정함으로써 장애인 고용에 따른 비용을 보전해 주기 위하여 도입되었다고 설명하고 있다.

이와 같이 장애인고용법은 일정한 장애인 고용비율을 정해 놓고, 그에 미치지 못한다면 장애인 고용부담금을 납부하여 장애인 고용 촉진을 위한 기금에 편입되게 하고, 이를 달성하면 장애인 고용장려금을 지급하는 구조를 가진다. 즉, 장애인 고용부담금은 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화하는 기능을 하는 부담금일 뿐, 이를 의무 불이행에 대한 제재로 볼 수 없는 점은 이와 같은 장애인고용법의 구조를 보아도 분명히 확인되는 것이다.

(2) 장애인 고용부담금은 법령상 의무불이행에 대한 ‘제재’가 아니라 장애인고용에 대한 정책적 목적을 달성하기 위하여 ‘독립적으로 부과되는 금전지급의무’에 해당한다.

(가) 이처럼 장애인 고용부담금은 장애인의 고용촉진이라는 공익목적을 위하여 법률에서 정하는 바에 따라 부과하는 금전지급의무로서 ‘부담금’에 해당할 뿐, 이를 의무불이행에 대한 제재적 성격의 공과금(통상 과태료 내지 과징금와 같은 행정벌이 이에 해당한다)으로 볼 수는 없다.

어떠한 금전납부의무를 ‘법령에 따른 의무불이행에 대한 제재’로 볼 수 있으려면, ‘법령에 따른 의무’를 불이행한 것 자체로 해당 금전납부의무가 성립하여야 한다. 대표적으로 벌금 또는 과태료, 과징금과 같은 행정벌이 이에 해당한다. 예컨대 장애인 고용부담금 신고ㆍ납부의무를 이행하지 않거나 거짓된 신고를 한 경우 부과되는 과태료(장애인고용법 제86조 제3항 제1호) 등 장애인고용법 제86조(과태료)에서 정한 각종 과태료가 ‘법령에 따른 의무불이행에 대한 제재’에 해당한다.

다시 말해 장애인 고용부담금은 그 자체로 장애인고용법 제33조가 정한 ‘법률상 금전지급의무’이고, ‘특정한 법률상 의무를 위반하여 이에 대한 제재로서 부과되는 것’이 아니다. 이는 장애인고용법 제33조 제5항이 장애인 고용부담금의 신고ㆍ납부의무에 관한 근거 조항을 두고, 이를 위반하였을 경우 과태료를 부과하도록 한 법률의 체계를 보아도 분명히 확인된다.

그리고 장애인고용법 제28조 제1항은  "상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 그 근로자의 총수의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하  "의무고용률”이라 한다) 이상에 해당하는 장애인을 고용하여야 한다”고 정하고 있다. 그런데 장애인 고용부담금의 근거 조항인 장애인고용법 제33조 제1항은  "의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)”에게 장애인 고용부담금 납부의무를 부여하고 있다.

즉, 장애인 고용부담금은 ① 장애인고용법 제28조 제1항을 위반한 자에 대하여 부과되는 것이 아니라 단지 위 조항에서 정의한  "의무고용률”을 부담금 부과의 요건 및 기준 중 하나로 두고 있는 것에 불과하고, ② 같은 법 제28조 제1항이 ‘상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주’에게 장애인 고용 의무를 지우고 있는 것에 비하여 장애인고용부담금은 ‘상시 100명 이상의 근로자를 고용하는 사업주’에게만 부과되어 그 요건을 달리 정하고 있으므로, 장애인 고용부담금이 장애인고용법 제28조 제1항의 위반을 요건으로 하여 부과되는 것으로 볼 수 없음은 그 문언상 명백하다.

나아가 ③ 장애인고용법 제33조 제4항은 인증을 받은 장애인 표준사업장 또는 장애인 직업재활시설에 도급을 주어 그 생산품을 납품받는 사업주에 대하여 부담금을 감면할 수 있다는 감면요건을 정하고 있는바, 결국 장애인 고용부담금은 단순히 장애인 고용의무 위반에 따른 제재로서 부과되는 것이 아니라 장애인고용법 제33조가 정한 각 요건(감면요건 포함)에 따라 독립적으로 부과되는 금전지급의무라는 점이 분명히 확인된다.

즉, 장애인고용법 제28조의 장애인 고용의무와 같은 법 제33조의 장애인 고용부담금 납부의무는 각각 별도의 요건을 가진 별개의 법률상 의무이다. 이는 정당한 사유 없이 장애인 고용의무를 현저히 불이행하면 고용노동부장관은 그 내용을 공표할 수 있고(장애인고용법 제29조 제3항), 장애인 고용부담금 신고ㆍ납부의무를 이행하지 않거나 거짓된 신고를 한 때 과태료를 부과할 수 있도록 하여 장애인고용법이 각기 별도의 제재를 정하고 있다는 점을 보더라도 분명히 확인된다. 즉, 상시 100명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 장애인 고용의무와 장애인 고용부담금 납부의무 중 하나를 선택적으로 이행할 수 있는 것이고, 장애인 고용부담금이 장애인 고용의무 위반에 대한 제재로 부과되는 것이 아님은, 장애인고용법의 문언 및 체계에 비추어 더할 나위 없이 명백하다.

(나) 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 벌금 내지 과태료는 고의 또는 과실이라는 책임요건의 존재를 그 부과 요건으로 하고 있다(「형법」 제13조, 제14조, 「질서위반행위규제법」 제7조). 또한, 2023.3.24. 전면 시행된 「행정기본법」은 ‘제재처분’을 법령 등에 따른 의무를 위반하거나 이행하지 아니하였음을 이유로 당사자에게 의무를 부과하거나 권익을 제한하는 처분을 말한다고 규정하면서(제2조 제5호), 제재처분을 할 때 행정청이 고려하여야 할 사항으로 위반행위의 동기, 목적 및 방법, 위반행위자의 귀책사유 유무와 그 정도, 위반행위자의 법 위반상태 시정ㆍ해소를 위한 노력 유무 등 책임요건을 고려하여야 한다고 정하고 있다(제22조 제2항 제1호, 제4호 및 같은 법 시행령 제3조 각 호).

그러나 장애인 고용부담금의 경우 장애인고용법 제33조에서 정한 요건에 해당하기만 하면 위와 같은 고의나 과실 등 책임요건에 대한 고려 없이 일률적으로 납부의무가 발생한다는 점에서도 의무위반에 대한 제재적 성격을 가진 것으로 볼 수 없다. 「행정기본법」상 제재처분의 기준 및 고려사항을 감안할 때에도 장애인 고용부담금을 ‘제재처분’으로도 볼 수 없음은 물론이다[제재처분에는 원칙적으로 5년의 제척기간이 적용되지만(「행정기본법」 제23조), 장애인 고용부담금에는 3년의 소멸시효가 적용된다는 점에서도(장애인고용법 제40조), 양자의 법률적 성격은 구별된다].

만약 장애인 고용부담금이 제재적 성격을 가진 것이라면, 가령 장애인 고용을 위하여 가능한 한 최대한의 합리적인 노력을 기울였으나 의무고용률에 상응하는 장애인 지원자가 없어 의무고용률을 달성하지 못했다는 사정 등이 인정되는 경우 등 귀책사유가 없는 경우 제재가 감면되거나 면제될 수 있어야 하는데, 현행 장애인고용법의 체계하에서는 그러한 책임요건에 대한 고려 없이 장애인 고용부담금이 일률적으로 계산ㆍ부과된다는 점에서도 이를 의무위반에 대한 제재로 볼 수 없다.

이러한 입장에서 최근 서울행정법원은  "장애인 고용부담금의 경우 구 장애인고용법 제33조에서 정한 요건에 해당하기만 하면 위와 같은 고의나 과실 등 책임 요건의 고려 없이 일률적으로 납부의무가 발생”하므로  "책임 요건에 대한 고려 없이 일률적으로 계산ㆍ부과된다는 점에서 이를 의무위반에 대한 ‘제재’로 보기 어려운 측면이 많다”고 판시하여 장애인 고용부담금이 법령상 의무불이행에 대한 ‘제재’가 아니라 장애인 고용에 대한 정책적 목적을 달성하기 위하여 ‘독립적으로 부과되는 금전지급의무’에 해당함을 분명히 하였고, 서울고등법원도 이를 인용하였다(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결, 서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325 판결).

장애인 고용부담금이 법률상 의무위반에 대한 제재가 아니라는 점은 장애인고용법을 입안한 고용노동부가 발간한 문헌을 통해서도 확인된다[장애인 의무고용제도의 실효성 및 효과적 운영방안(2010년 9월)]. 해당 문헌은, 장애인 고용부담금은 법률상 의무위반에 대한 제재가 아니며, 장애인의 고용을 유도하기 위한 특별부담금이라고 설명한다. 장애인 고용부담금이 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적 (특별)부담금’의 성격을 가진다는 위 헌법재판소의 결정 및 서울고등법원의 판결과 마찬가지 취지이다. 그에 따라 해당 문헌은 장애인을 고용하지 않은 데에 사업주의 고의 및 과실 등 책임요건은 장애인 고용부담금의 부과에 영향을 미치지 않는다고 설명한다.

(3) 장애인 고용부담금이 「법인세법」상 손금에 산입되는 비용이라는 점은, 법인세법령의 개정 경과를 살펴보더라도 분명히 확인된다.

구 「법인세법」(1998.1.1. 법률 제5374호로 개정되기 전의 것) 제16조 제5호는 ‘대통령령으로 정하는 공과금’을 손금불산입 대상으로 규정하였고, 구 「법인세법 시행령」(1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항 각 호는 손금불산입 대상에서 제외되는 공과금(즉, 손금산입 대상이 되는 공과금)으로서 각종 부담금 등을 열거하고 있었는데, 같은 항 제32호는 장애인 고용부담금을 손금산입되는 공과금 중 하나로 정하고 있었다.

그런데 헌법재판소 1997.7.16. 선고 96헌바36 내지 39 결정은 위 구 「법인세법」 제16조 제5호에 대하여, 공과금은 사업경비의 성격을 띠는 것으로 「법인세법」상 손금에 산입됨이 원칙이고 예외적으로 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것이 「법인세법」의 본질 및 구조에 부합하므로, 공과금이 원칙적으로 손금불산입됨을 규정하고 있는 구 「법인세법」 제16조 제5호는 실질적 조세법률주의에 위배되어 헌법에 위반된다고 판단하였다. 또한 헌법재판소는 위 구 「법인세법 시행령」 제25조 제1항 각 호가 손금산입되는 공과금을 열거하고 있는 것에 대하여도, 성격이 유사한 공과금들 중 어느 한 공과금에 대하여만 손금산입을 허용하고 있거나 명백히 손금산입을 허용함이 마땅한 공과금을 포함하고 있지 않는 경우 위헌의 문제가 생기지만 법원으로서는 명령ㆍ규칙 심사권을 행사하더라도 시행령에서 누락된 공과금에 대하여까지 손금산입하는 것은 곤란하여 납세자의 권리구제가 제대로 이루어질 수가 없게 되는 점을 지적하였다.

그에 따라 1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정된 구 「법인세법 시행령」 제25조 제2호는, 손금불산입 대상이 되는 공과금은 이 건에서 문제되는 현행 「법인세법」 제21조 제5호와 마찬가지로 ‘법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 것’을 말한다는 포괄규정을 도입하였다.

즉, 법인세법령은 ① 공과금을 원칙적으로 손금불산입 대상으로 보되 손금산입되는 공과금을 시행령에서 열거하는 체계(열거주의)에서, 헌법재판소의 위헌결정에 따라 ② 손금불산입되는 공과금의 요건을 포괄적으로 정하는 체계(포괄주의)로 변경되었는데, 이 사건에서 문제되는 장애인 고용부담금은 손금산입되는 공과금을 제한적ㆍ열거적으로 정하고 있던 열거주의 당시부터 손금산입되는 공과금에 해당하였다. 그에 따라 열거주의 당시에 손금산입되던 공과금은 공과금의 손금산입 범위가 넓어진 포괄주의 체계하에서는 당연히 손금산입된다고 해석되었고, 과세관청의 유권해석도 장애인 고용부담금의 손금산입을 허용하는 입장이었다(서이46012-10673, 2001.12.5., 서이46012-10993, 2003.5.19.).

이러한 입장에서 서울행정법원은  "‘공과금’은 기본적으로 사업경비의 성격을 띠어 손금에 산입됨이 원칙인 점, 과거 「법인세법」에서 공과금은 원칙적으로 손금으로 인정되지만 시행령에서 손금산입되는 공과금을 열거하는 것은 납세자의 권리구제 차원에서 타당하지 않다는 헌법재판소 위헌결정에 따라 현행 「법인세법」은 손금불산입되는 공과금을 규정하는 방식으로 바꾸어 손금산입되는 공과금의 범위를 넓히고 있는 점 등을 고려할 때 어느 공과금이 구 「법인세법」 제21조 제5호에서 제시하는 손금불산입 요건을 충족하였는지 여부는 해당 규정의 문언에 따라 엄격하게 해석할 필요가 있다”는 법리하에 현행 법인세법령하에서도 장애인 고용부담금은 손금산입되는 공과금이라고 판시하였고, 서울고등법원도 이를 인용하였다(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757판결, 서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325판결).

이처럼 장애인 고용부담금은 과거 공과금이 원칙적으로 손금불산입되던 열거주의 체계하에서도 손금으로 인정되던 공과금 중 하나에 해당하였다. 그러므로 헌법재판소 위헌결정의 취지에 따라 공과금의 손금 산입 범위가 더욱 넓어진 현행 포괄주의 체계하에서, 과거 열거주의 체계 당시와 달리 장애인 고용부담금의 손금산입이 인정되지 않을 이유는 전혀 없다.

(4) 장애인 고용부담금의 손금성을 부인하여 불이익을 가할 정책적 이유나 근거가 없다.

「법인세법」 제21조 제5호가 제재적 성격의 공과금을 손금불산입하는 취지는 그러한 제재적 성격의 공과금을 손금으로 인정하게 되면 그 손금이 반영된 법인세액 상당액을 사실상 국가가 보조하는 효과가 발생해 제재의 효과가 경감되기 때문이다(서울고등법원 2020.1.31. 선고 2019누35635 판결 등 참조). 그런데 앞서 언급한 바와 같이 사업주가 납부한 장애인 고용부담금은 장애인 고용촉진 및 직업재활 기금의 재원이 되고(장애인고용법 제69조 제2호), 기금은 장애인 고용장려금, 장애인 고용촉진 및 직업재활 등 장애인의 고용촉진을 위하여 사용된다(장애인고용법 제71조). 이처럼 장애인의 고용촉진이라는 정당한 정책적 목적을 위하여 납부되는 장애인 고용부담금을 제재적 성격의 공과금으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 세법에서 이를 손금불산입하는 방식으로 불이익을 가할 정책적 이유나 근거도 전혀 없는 것이다.

이와 관련하여 장애인 고용부담금을 손금불산입하는 제재를 통하여 사업주가 장애인을 고용하는 것을 촉진할 필요가 있다는 견해가 제기될 수 있다. 그러나 사업주가 장애인을 직접 고용하는 것과 장애인 고용촉진에 필요한 재원(장애인 고용부담금)을 부담하는 것 중 어느 방안이 정책적으로 보다 타당한지 일률적으로 판단하기 어려운 상황에서 위와 같은 추상적인 정책적 목표를 근거로 장애인 고용부담금에 대하여 세법상 불이익을 주기는 어려운 점, 장애인 고용촉진이라는 목적을 달성하는 것이 중요하다고 하더라도 이는 장애인 고용부담금 산정 기준이 되는 부담기초액을 상향하는 등 장애인고용법의 범주 내에서 그 타당성을 신중하게 살펴 결정하여야 할 문제이지, 조세법률주의가 적용되는 세법의 영역에서 법문언의 무리한 확장 해석을 통해 장애인고용부담금을 손금불산입할 이유 내지 근거는 없다(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결, 서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325판결 참조).

한편 기획재정부는 2018.2.21. 장애인 고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호에 따라 손금불산입되는 공과금에 해당한다는 유권해석을 내놓았다. 그러나 기본적으로 유권해석(예규)는 법적 효력이 없어 법원이나 납세의무자를 구속할 근거로 삼을 수 없고(대법원 1980.9.9. 선고 80누47 판결 등), 그 결론 또한 앞서 본 장애인 고용부담금의 법적 성격, 관련 법령의 개정 경과 및 장애인고용법의 문언 및 체계에 비추어 타당하지 않다.

특히, 해당 유권해석은  "다만, 동 예규는 회신일 이후 장애인고용부담금을 신고ㆍ납부하여야 하는 분부터 적용하는 것임”이라는, 법령 부칙의 적용시기 내지 경과조치와 유사한 단서를 두고 있는데, 이는 해당 유권해석이 법령의 해석 범위를 넘어 사실상 새로운 과세요건을 창설한 것이라는 점을 보여준다. 앞서 상세히 살핀 바와 같이 법인세법령은 과거 열거주의 방식을 택한 때부터 장애인 고용부담금의 손금산입을 허용해 왔고, 이러한 태도는 현행 포괄주의 체계하에서도 유지되어 왔다. 그럼에도 불구하고 ‘장애인 고용부담금이 손금불산입 대상이 되는 공과금이다’라는 과세요건을 창설하기 위해서는 법률 또는 그 위임을 받은 시행령 등의 개정이 필요함에도, 기획재정부가 법규적 효력이 없는 유권해석을 통하여 실질적으로 새로운 과세요건을 창설하였다는 점에서, 기획재정부의 유권해석 및 이를 과세근거로 든 이 건 처분이 위법함은 명백하다.

나. 처분청들 의견

(1) 쟁점부담금은 「법인세법」상 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 보는 것이 타당하다.

(가) 장애인고용법은 사업주에게 장애인 고용률 준수의무를 부여하고 있고 의무고용률(3.1%)에 미달하는 경우 부담금을 부과하므로 의무불이행에 대한 제재로서 납부하는 공과금에 해당된다.

(나) 장애인 고용부담금 산정의 중요한 요소인 ‘부담기초액’은 「최저임금법」상 최저임금액의 100분의 60 이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의 ‘중한 정도’에 따라 ‘가산’하여 산정하도록 규정되어 있다. 특히, 장애인 고용의무 불이행의 정도가 가장 중한 정도로서 장애인을 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우 ‘부담기초액’은 「최저임금법」상의 최저임금액을 그대로 적용하도록 하고 있으므로 이는 장애인 고용부담금이 ‘징벌’적 성격이 있음을 보여주는 것이다.

○○○

(다) 또한, 조세와 마찬가지로 공법상의 금전지급의무에 해당하므로 장애인 고용부담금 납부의무자가 그 의무를 이행하지 않으면 국세체납처분의 예에 따라 강제징수를 할 수 있다(장애인고용법 제37조).

(라) 따라서 쟁점부담금은 「법인세법」상 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당된다.

(2) 쟁점부담금은 손금불산입 대상이다.

(가) 장애인고용법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하고자 각 사업주에게 장애인 고용의무를 이행하도록 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인 고용부담금을 납부하도록 규정하고 있다.

(나) 기획재정부 또한 유권해석을 통하여 장애인 고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는 점 등을 종합하면 장애인 고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 포함된다고 해석하는 것이 사회통념상 타당하다.

(다) 또한, 장애인 고용부담금이 손금으로 인정될 경우 제도 취지와 달리 법인들이 장애인 고용을 기피하고 전액 손금이 인정되는 부담금 납부를 선택하는 역효과가 예상되는바, 이와 같이 장애인 고용부담금의 손금 인정이 당초 장애인고용법의 정책적 목적달성을 저해할 우려도 감안해야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

장애인 고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청들이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 쟁점부담금의 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점부담금 내역

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(나) A 홈페이지에는 ‘장애인 고용부담금 제도는 사회 연대책임의 이념을 반영하여 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 않는 사업주의 경제적 부담을 평등하게 조정함으로써 장애인 고용에 따른 비용을 보전해 주기 위해 도입되었다’는 내용이 게재되어 있다.

(다) 고용노동부의 정책연구 용역사업 보고서인 ‘장애인 의무고용제도의 실효성 및 효과적 운영방안’(B 등, 2010년 9월)에는 ‘고용부담금은 엄격하게 보면 법률상의 의무위반에 대한 제재가 아니며, 장애인의 고용을 유도하기 위한 특별부담금이다. 따라서 장애인을 고용하지 않은 데에 사업주의 고의 및 과실 등 책임요건은 고용부담금의 부과에 영향을 미치지 않는다’고 기재되어 있고, 각주에는 ‘이에 대해서는 BVerfGE 57, 139(168)면 참조’라고 기재되어 있다.

(라) 청구법인은 2021회계연도 장애인고용촉진 및 직업재활기금 결산보고서(고용노동부, 2022년 3월) 등을 제출하였다.

(마) 「법인세법」 제21조 제5호는 2024.12.31. 법률 제20613호를 통해 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금’으로 개정된 한편, 기획재정부는 2024.7.26. 「법인세법」 제21조 제5호의 문구를 ‘법령에 따른 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되거나 법령에 따른 의무의 불이행으로 인하여 부과되는 공과금’으로 하여 「법인세법」 일부개정법률안의 입법예고를 하였고(기획재정부 공고 제2024-168호), 이에 대해 ‘법령상 의무불이행으로 인해 부과되는 공과금을 손금불산입 대상에 포함하도록 명확화하는 것’으로 개정내용을 설명하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 장애인 고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하지 않는다고 주장하나, 장애인고용법은 장애인의 인간다운 생활을 위해 고용촉진 및 직업재활이 이루어질 수 있도록 각 사업주에게 장애인 고용의무의 이행을 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인 고용부담금을 납부하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어, 장애인 고용부담금은 「법인세법」 제21조 제5호의  "법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금”에 해당하는 것으로 보이므로, 처분청들이 쟁점부담금을 손금불산입 대상으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2025중1012, 2025.5.15. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 「지방세기본법」 제96조 제7항에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 법인세법(2024.12.31. 법률 제20613호로 개정되기 전의 것)

제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

3. 벌금, 과료(통고처분에 따른 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포함한다), 과태료(과료와 과태금을 포함한다), 가산금 및 체납처분비

4. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

(2) 법인세법(1998.12.28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)

제16조(손금불산입) 다음 각 호에 게기하는 손비는 내국법인의 각사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 벌금, 과료(통고처분에 의한 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포함한다), 과태료(과료와 과태금을 포함한다), 가산금과 체납처분비

5. 대통령령이 정하는 공과금

(3) 법인세법(2024.12.31. 법률 제20613호로 개정된 것)

제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금

(4) 법인세법 시행령(1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것)

제25조(공과금의 범위) ① 법 제16조 제5호에서  "대통령령이 정하는 공과금”이라 함은 다음 각 호의 것(특별회비를 제외한다)을 제외한 공과금을 말한다.

32. 장애인고용촉진등에관한법률에 의하여 납부하는 장애인고용부담금

(5) 법인세법 시행령(1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정된 것)

제25조 (공과금의 범위) 법 제16조 제5호에서  "대통령령이 정하는 공과금”이라 함은 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 것

2. 법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 것

부칙

제11조(공과금의 손금산입에 관한 특례) 제25조의 개정규정을 적용함에 있어서 종전의 제25조 제1항 각 호(제2호를 제외한다)에 규정된 공과금 중 제25조의 개정규정에 해당하는 공과금은 2000년 12월 31일 이전에 종료되는 사업연도까지 이를 제25조의 개정규정에 해당하는 공과금으로 보지 아니한다.

(6) 장애인고용촉진 및 직업재활법

제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하  "의무고용률”이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다.

제29조(사업주의 장애인 고용 계획 수립 등) ③ 고용노동부장관은 제28조 제1항에 따른 사업주가 정당한 사유 없이 장애인 고용계획의 수립 의무 또는 장애인 고용 의무를 현저히 불이행하면 그 내용을 공표할 수 있다.

제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다.

③ 부담기초액은 장애인을 고용하는 경우에 매월 드는 다음 각 호의 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 100분의 60 이상의 범위에서 고용노동부장관이 정하여 고시하되, 장애인 고용률(매월 상시 고용하고 있는 근로자의 총수에 대한 고용하고 있는 장애인 총수의 비율)에 따라 부담기초액의 2분의 1 이내의 범위에서 가산할 수 있다. 다만, 장애인을 상시 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우에는 그 달에 대한 사업주의 부담기초액은 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액으로 한다.

1. 장애인을 고용하는 경우 필요한 시설ㆍ장비의 설치, 수리에 드는 비용

2. 장애인의 적정한 고용관리를 위한 조치에 필요한 비용

3. 그 밖에 장애인을 고용하기 위하여 특별히 드는 비용 등

④ 고용노동부장관은 제22조의4 제1항에 따라 인증을 받은 장애인 표준사업장 또는 「장애인복지법」 제58조 제1항 제3호의 장애인 직업재활시설에 도급을 주어 그 생산품을 납품받는 사업주에 대하여 부담금을 감면할 수 있다.

⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다.

제40조(소멸시효) 부담금이나 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 징수하거나 그 환급을 받을 권리와 고용장려금을 받을 권리는 3년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다.

제68조(장애인 고용촉진 및 직업재활 기금의 설치) 고용노동부장관은 공단의 운영, 고용장려금의 지급 등 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 위한 사업을 수행하기 위하여 장애인 고용촉진 및 직업재활 기금(이하  "기금”이라 한다)을 설치한다.

제69조(기금의 재원) ① 기금은 다음 각 호의 재원으로 조성한다.

2. 제33조와 제35조에 따른 부담금ㆍ가산금 및 연체금

제86조(과태료) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 200만원 이하의 과태료를 부과한다.

1. 제33조 제5항에 따른 신고를 하지 아니하였거나 거짓된 신고를 한 때

(7) 형법

제13조(고의) 죄의 성립요소인 사실을 인식하지 못한 행위는 벌하지 아니한다. 다만, 법률에 특별한 규정이 있는 경우에는 예외로 한다.

제14조(과실) 정상적으로 기울여야 할 주의(注意)를 게을리하여 죄의 성립요소인 사실을 인식하지 못한 행위는 법률에 특별한 규정이 있는 경우에만 처벌한다.

(8) 질서위반행위규제법

제7조(고의 또는 과실) 고의 또는 과실이 없는 질서위반행위는 과태료를 부과하지 아니한다.

(9) 행정기본법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5.  "제재처분”이란 법령등에 따른 의무를 위반하거나 이행하지 아니하였음을 이유로 당사자에게 의무를 부과하거나 권익을 제한하는 처분을 말한다. 다만, 제30조 제1항 각 호에 따른 행정상 강제는 제외한다.

제14조(법 적용의 기준) ③ 법령등을 위반한 행위의 성립과 이에 대한 제재처분은 법령등에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 법령등을 위반한 행위 당시의 법령등에 따른다. 다만, 법령등을 위반한 행위 후 법령등의 변경에 의하여 그 행위가 법령등을 위반한 행위에 해당하지 아니하거나 제재처분 기준이 가벼워진 경우로서 해당 법령등에 특별한 규정이 없는 경우에는 변경된 법령등을 적용한다.

제22조(제재처분의 기준) ① 제재처분의 근거가 되는 법률에는 제재처분의 주체, 사유, 유형 및 상한을 명확하게 규정하여야 한다. 이 경우 제재처분의 유형 및 상한을 정할 때에는 해당 위반행위의 특수성 및 유사한 위반행위와의 형평성 등을 종합적으로 고려하여야 한다.

② 행정청은 재량이 있는 제재처분을 할 때에는 다음 각 호의 사항을 고려하여야 한다.

1. 위반행위의 동기, 목적 및 방법

2. 위반행위의 결과

3. 위반행위의 횟수

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지에 준하는 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항

제23조(제재처분의 제척기간) ① 행정청은 법령등의 위반행위가 종료된 날부터 5년이 지나면 해당 위반행위에 대하여 제재처분(인허가의 정지ㆍ취소ㆍ철회, 등록 말소, 영업소 폐쇄와 정지를 갈음하는 과징금 부과를 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 할 수 없다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 인허가를 받거나 신고를 한 경우

2. 당사자가 인허가나 신고의 위법성을 알고 있었거나 중대한 과실로 알지 못한 경우

3. 정당한 사유 없이 행정청의 조사ㆍ출입ㆍ검사를 기피ㆍ방해ㆍ거부하여 제척기간이 지난 경우

4. 제재처분을 하지 아니하면 국민의 안전ㆍ생명 또는 환경을 심각하게 해치거나 해칠 우려가 있는 경우

③ 행정청은 제1항에도 불구하고 행정심판의 재결이나 법원의 판결에 따라 제재처분이 취소ㆍ철회된 경우에는 재결이나 판결이 확정된 날부터 1년(합의제행정기관은 2년)이 지나기 전까지는 그 취지에 따른 새로운 제재처분을 할 수 있다.

④ 다른 법률에서 제1항 및 제3항의 기간보다 짧거나 긴 기간을 규정하고 있으면 그 법률에서 정하는 바에 따른다.

(10) 행정기본법 시행령

제3조(제재처분의 기준) 법 제22조 제2항 제4호에서  "대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 사항을 말한다.

1. 위반행위자의 귀책사유 유무와 그 정도

2. 위반행위자의 법 위반상태 시정ㆍ해소를 위한 노력 유무

(11) 지방세법

제89조(납세지 등) ① 지방소득세의 납세지는 다음 각 호와 같다.

2. 법인지방소득세 : 사업연도 종료일 현재의 「법인세법」 제9조에 따른 납세지. 다만, 법인 또는 연결법인이 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 경우에는 각각의 사업장 소재지를 납세지로 한다.

제103조의19(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.