참고 ▶ 2025년 귀속 연말정산 개정세법 요약

자가 개발 프로그램의 경우 세법 개정사항 등을 반영하여 연말정산 프로그램 업데이트 완료[‘종이없는 연말정산’을 실시하고자 하는 회사는 국세청에서 제공하는 전자파일인식(영수증금액 추출)프로그램과 회사의 프로그램이 연계되도록 설치해야 함]

회사는 연말정산 일정과 준비할 사항 등을 정리하여 ’25.1월 초까지 근로자에게 제공

급여 지급시 일괄 공제한 건강보험료 등ㆍ국민연금 근로자 부담금ㆍ기부금 내역 등 정리
- 근로자별 근로소득원천징수부를 확인하여 총급여, 비과세소득, 원천징수세액을 함께 정리하여 연말정산 프로그램에 반영

근로자는 연말정산간소화 서비스(홈택스 → 장려금ㆍ연말정산ㆍ기부금 → 연말정산간소화 → 소득ㆍ세액공제 자료 조회)를 통해 소득ㆍ세액공제 증명서류를 출력 또는 전산파일로 내려받아 소득ㆍ세액공제신고서와 함께 회사에 제출 다만, 연말정산간소화 서비스에서 제공되지 않는 소득ㆍ세액공제 증명서류(난임시술비, 취학전 아동 학원비 등)는 근로자가 직접 수집 필요
기부금, 의료비, 신용카드 공제를 받고자 하는 근로자는 기부금명세서, 의료비지급명세서, 신용카드 등 소득공제 신청서를 회사에 별도로 제출

• 근로자가 제출한 소득ㆍ세액공제 증명서류에 의해 소득ㆍ세액공제신고서가 정확히 작성되었는지, 공제 요건이 적정한지 확인(서류 및 자료 보완이 필요한 경우 근로자에게 요청)
  ＊ 월세액 세액공제 명세서 서식에 임대차 계약서상 주소지ㆍ계약기간 등 내역을 정확히 기재하여야 함에 유의
• 근로자가 제출한 소득ㆍ세액공제신고서 내용을 반영하여 세액을 계산하고 근로소득원천징수영수증을 근로자에게 발급

• (기부금명세서) 기부금세액공제를 적용받는 근로자에 대해서는 기부금명세서를 근로소득지급명세서와 함께 작성ㆍ제출
• (의료비지급명세서) 의료비세액공제를 적용받는 근로자에 대해서는 의료비 지급명세서를 전산매체로 작성ㆍ제출
• (근로소득지급명세서) 오류 점검 실시 및 오류 보완

원천징수이행상황신고서(상반기 지급분 + 연말정산분)는 반기별 원천징수 내역을 포함하여 7월 10일까지 제출(단, 환급신청 시 3월 10일까지 제출)

원천징수의무자는 조정환급시 환급할 소득세가 연말정산하는 달에 원천징수하여 납부할 소득세를 초과하는 경우에는 다음 달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 근로자에게 환급함. 다만, 회사 전체적으로 환급세액이 많아 회사에서 근로자에게 환급금을 즉시 지급하기가 어려운 경우 회사가 세무서에 환급신청 가능

연말정산 결과 근로자의 추가 납부세액이 10만원을 초과하는 경우 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분부터 4월분의 근로소득을 지급할 때까지 추가 납부세액을 나누어 원천징수할 수 있음

원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 납부서와 함께 금융기관 등에 납부하고 원천징수이행상황신고서를 관할세무서장에게 제출하여야 하며, 과세미달 등 원천징수세액이 없는 자에 대한 지급액도 신고서에 포함하여 제출하여야 한다.

• 소득세 납세의무가 있는 개인에게 근로소득을 국내에서 지급하는 자는 근로소득 지급명세서를 제출하여야 한다.
• 소득세 납세의무가 있는 개인에게 근로소득을 지급하는 자에는 개인(비사업자 포함), 법인, 「소득세법」 제127조 제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 「소득세법」 제7조 또는 「법인세법」제9조에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 「부가가치세법」 제8조 제3항 후단에 따른 사업자단위과세사업자를 포함한다.

근로소득지급명세서를 그 지급일이 속하는 과세기간의 다음연도 3월 10일까지 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다만, 원천징수의무자가 휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 근로소득지급명세서를 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 제출하여야 한다.
• 다음에 해당하는 경우에도 다음연도 3월 10일까지 지급명세서를 제출하여야 한다.

• 홈택스를 이용한 전자제출
  홈택스(www.hometax.go.kr)의 근로소득지급명세서 제출 메뉴[지급명세서ㆍ자료제출ㆍ공익법인 → (근로, 사업 등)지급명세서 제출 → 근로ㆍ퇴직소득 → 근로소득 지급명세서 제출/내역조회 → 직접작성제출방식]에서 지급명세서를 작성하여 인터넷으로 제출하거나, 자체프로그램에 의하여 작성한 전산파일을 변환제출방식으로 제출한다.
  ※ 2014년 이후 지급명세서 전자제출에 대한 세액공제제도 폐지

• 전산매체(CD 등)를 이용한 제출
  자가사용 프로그램으로 자료를 입력한 전산매체를 제출하고자 하는 경우 국세청에서 정한 「지급명세서 전산매체 제출요령」에 따라 프로그램을 개발하여 지급명세서를 전산매체로 작성하여 제출하여야 한다.
  원천징수이행상황신고서는 지점별로 제출하고, 본점 및 지점분의 근로소득지급명세서는 전산매체로 일괄하여 제출하는 경우에는 전산매체에 제출자(A레코드), 원천징수의무자(B레코드)를 정확히 입력하여 지급명세서와 원천징수이행상황신고서간의 불일치로 인한 오류자료가 발생하지 않도록 특별히 주의하여야 한다.

• 서면 작성 제출
  다음에 해당하는 자가 지급명세서를 서면으로 작성하여 제출할 때에는 편철단위마다 (각 권마다) 소득자료제출집계표(원천징수사무처리규정 별지 제12호 서식)를 부착하여 제출
  - 직전 과세기간에 제출한 지급명세서의 매수가 50매 미만인 자 또는 상시 근무하는 근로자의 수(매월 말일의 현황에 의한 평균인원 수)가 10명 이하인 자

• 지급명세서를 제출하여야 할 자가 해당 지급명세서를 그 기한 내에 제출하지 아니한 경우, 제출된 지급명세서가 불분명한 경우에 해당하거나 제출된 지급명세서에 기재된 지급금액이 사실과 다른 경우에는 그 제출하지 아니한 경우의 지급금액 또는 불분명하거나 사실과 다른 분의 지급금액의 100분의 1에 상당하는 금액[5천만원(중소기업이 아닌 기업 1억원) 한도. 다만, 고의적으로 위반한 경우에는 한도 규정을 적용하지 않음]을 결정세액에 더한다.


• ‘지급명세서가 불분명한 경우’란
  ① 제출된 지급명세서에 지급자 또는 소득자의 주소ㆍ성명ㆍ납세번호(주민등록번호로 갈음하는 경우에는 주민등록번호)나 사업자등록번호ㆍ소득의 종류ㆍ소득의 귀속연도 또는 지급액을 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 지급사실을 확인할 수 없는 경우
  ② 제출된 지급명세서 및 이자ㆍ배당소득 지급명세서에 유가증권표준코드를 적지 아니하였거나 잘못 적어 유가증권의 발행자를 확인할 수 없는 경우
  ③ 제출된 지급명세서에 이연퇴직소득세를 적지 아니하였거나 오류 기재한 경우
  
  다만, 지급 후에 그 지급받은 자의 소재가 불명된 것이 확인된 금액은 불분명한 금액에 포함하지 아니하는 것으로 한다.

의료비지급명세서 제출대상이 있는 경우 근로소득 지급명세서(기부금명세서 포함)와 함께 원천징수 관할세무서에 2025년 3월 10일까지 전산파일로 제출하여야 한다.

• 의료비 지급명세서
  원천징수의무자는 의료비세액공제를 적용받는 해당 근로자의 의료비 지급내역을 전산처리하여 제출하여야 한다.

• 홈택스를 이용하여 전자제출하거나, 의료비지급명세서를 전산처리하여 CD 등에 저장하여 원천징수 관할세무서에 제출한다.
• 전산파일을 CD 등에 저장하여 제출하는 경우, 홈택스(www.hometax.go.kr) 자료실에 게시된 「지급명세서 전산매체 제출요령」 참조

• 홈택스(www.hometax.go.kr) 자료실에 게시된 ｢지급명세서 전산매체 제출요령｣을 참고하여 국세청에서 지정한 파일 형식으로 자료 생성