2025년 법인세 신고시 유의할 사항

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BY 택스넷 2026.03.04

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아래 내용은 법인세 신고내용 오류를 검증하는 주요 항목으로 법인세 신고 시 실수하거나 놓치는 일이 없도록 유의하시기 바랍니다.

1. 원가 과다계상

1) 정규증빙 수취대상 계정과목에 대한 원가계상 적정 여부

대차대조표, 손익계산서, 부속명세서의 계정과목 중 정규증빙 수취대상인 임차료, 수수료, 외주비 등에 대해 정규증빙 없이 과다하게 계상한 경우, 관련 비용에 대하여 손금 부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법 제19조 【손금의 범위】

2) 법인의 업무목적 이외 신용카드 등 사용 여부

법인신용카드ㆍ직불카드 등 사용 자료 중 피부미용실, 성형외과, 해외여행, 입시학원 등 업무와 관련 없는 경비를 복리후생비, 수수료 계정 등으로 회계처리한 비용이 있는 경우 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법 제19조 【손금의 범위】

3) 상품권 과다 매입 후 법인의 업무목적 이외의 사용 여부

법인카드 등으로 상품권을 구입하여 업무목적 이외에 사용하고, 복리후생비, 수수료 계정 등으로 회계처리한 경우 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
상품권을 접대의 목적으로 사용한 경우에는 기업업무추진비로 계상하고 한도액 시부인 계산하여 한도초과액은 손금불산입 기타사외유출 처분
* 법인세법 제19조 【손금의 범위】, 법인세법 제25조 【접대비의 손금불산입】

4) 실제 근무하지 않는 대표이사ㆍ주주의 가족에 대한 인건비 계상 여부

실제로 근로를 제공하지 않는 대표이사ㆍ주주 등의 가족 등에게 지급한 것으로 처리한 인건비는 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법 제19조 【손금의 범위】

5) 자료상 등 불성실 납세자와의 거래 적정 여부

실물 거래 없이 자료상, 세금계산서 발급위반자, 폐업자로부터 세금계산서 등을 수취하여 원가 등에 계상한 경우 관련 비용은 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법 제19조 【손금의 범위】

6) 보유 중인 주택을 특수관계인이 사용하도록 하게 한 경우

법인이 취득･임차한 주택을 특수관계인(비출자임원 및 소액주주임원, 직원은 제외)과 그 친족 등에게 무상 또는 시가에 미달하는 임대료를 받고 사용하게 한 경우 부당행위 계산부인 규정의 적용 여부 검토
업무목적과 관련 없이 주택을 보유하여 업무무관자산에 해당하는 경우 관련 유지관리비는 손금에 산입할 수 없음
* 법인세법 제52조 【부당행위 계산의 부인】, 법인세법 제27조 【업무무관비용의 손금불산입】

7) 업무 목적 이외 사용한 경비를 사업소득 지급 등으로 처리 여부

기업자금을 업무 목적 이외의 용도로 유출하고 지급수수료 등으로 계상한 후 실제 용역을 제공하지 않은 친족 등에게 사업소득을 지급한 것으로 처리하여 사업소득지급명세서를 제출한 경우 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법 제19조 【손금의 범위】

8) 고가의 회원권, 레저용 선박 사적 사용 시 유지관리비 손금 계상 여부

법인이 보유 중인 고가의 종합체육시설이용권 또는 레저용 선박을 사적으로 사용한 경우 관련 비용은 손금불산입
* 법인세법 제19조, 법인세법 제27조

2. 조세특례제한법상 공제ㆍ감면세액

1) 중소기업 요건 중 실질적 독립성 미충족

(자산총액 5천억원 이상 법인의 자법인) 직전사업연도 자산총액 5천억원 이상인 법인이 주식 등을 30% 보유하고 최다출자자인 법인으로 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하였음에도 중소기업 관련 공제ㆍ감면을 적용 - (사례) ’23사업연도 자산총액 6,500억원 A법인이 40%를 소유한 B법인이 ’24사업연도에 중소기업특별세액감면을 적용
* 조세특례제한법시행령 제2조 【중소기업의 범위】

2) 중복지원 배제대상 공제ㆍ감면 중복 적용

(세액감면과 세액공제 중복적용) 동일 사업연도에 중복지원을 받을 수 없는 공제감면을 동시에 적용 (사례: 통합투자세액공제와 중소기업특별세액감면 동시에 적용)
(동일 사업장 세액감면 중복적용) 동일 사업장에 중복지원이 안되는 세액감면을 적용 (사례: 중기특별세액감면과 수도권 밖 본사이전 감면 동시 적용)
(당기순이익 과세법인의 공제･감면 적용) 당기순이익에 9%(12%)의 세율을 적용하여 법인세를 신고하는 신용협동조합 등 조합법인이 공제받을 수 없는 공제･감면을 적용
* 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】, 조세특례제한법 제72조

3) 중소기업특별세액감면 적용 오류

(감면소득 과다 계산) 감면사업과 관련 없는 이자수익, 자산처분익 등을 감면소득에 포함하여 법인세 감면을 과다하게 적용 (사례: 유형자산처분이익 3,150만원을 감면소득에 포함)
(감면사업 결손금을 감면소득에 미합산) 감면사업의 결손금을 합산하지 않아 감면소득을 과다하게 계산 (사례: 제조업･건설업 겸영 법인이 건설업 관련 결손을 감면소득에 합산하지 않음)
(감면업종 착오) 감면 업종을 영위하지 않으나 세액감면을 적용 (사례: 음식점업을 영위하는 중소법인이 신청)
(감면 한도 초과) 감면세액이 1억원을 초과하거나, 직전연도 대비 고용이 감소하였으나 한도액을 감액 계산하지 않고 신청한 경우
* 조세특례제한법 제7조, 기본통칙6-0…2

4) 창업중소기업 등에 대한 세액감면 적용 오류

(수도권과밀억제권역 기업 감면 착오 적용) 수도권 과밀억제권역 내 창업하였으나 감면을 적용 ('18.5.29.이후 생계형/청년창업 제외)
(창업 미해당) 법인전환, 폐업 후 재개업, 분할로 사업승계 등 창업에 해당하지 않으나 감면을 신청 (사례: 동일 종류 사업 폐업 후 재개시)
(감면소득 과다 계산 및 기간 초과) 이자수익, 보험차익 등을 포함하거나 최초 소득 발생 사업연도 포함 6년차에 신청한 경우
(청년창업감면법인 중 대표자 변경) 창업 이후 대표자를 다른 대표자로 변경한 후 감면을 계속 적용한 경우
* 조세특례제한법 제6조, 조세특례제한법시행령 제5조

5) 연구 및 인력개발비 세액공제 적용 오류

(연구소･전담부서 인정 취소된 법인) 인정취소일 이후 발생한 비용에 대해 세액공제를 계속 적용
(지배주주인 임원 및 겸직 연구원 인건비) 법인 총발행주식의 10% 초과 주주인 임원 또는 행정사무 겸직 직원 인건비에 대해 세액공제 적용
(증가분 방식 오류 및 위탁비용) 직전 4년간 R&D 비용이 없음에도 증가분 방식 적용, 또는 ERP 등 사업운영 시스템 위탁개발비용을 공제 적용한 경우
* 조세특례제한법 제10조, 조세특례제한법시행령 제9조, 별표6

6) 근로소득증대 세액공제 적용 오류