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2025년 귀속 법인세에 대한 세무조정 시 적용해야 할 개정세법, 판례 및 예규 중에서 실무자와 세무대리인이 반드시 알아야 할 핵심항목을 2회에 걸쳐 연재하는데, 이번이 2회분이다. 본 원고가 회계담당자와 세무대리인의 실수를 방지하고 적법한 업무 수행에 도움이 되길 기대한다.
간접투자회사 등이 납부한 외국법인세액공제 특례(법법 §15 ②, §57의 2 ①ㆍ②ㆍ③)
펀드(간접투자회사 등)가 해외투자로 인하여 국외원천소득이 발생하고 이에 대하여 외국에서 법인세를 납부한 경우 종전에는 펀드가 외국납부세액공제를 하고 미공제분은 국세청으로부터 외국원천소득의 14%를 한도로 세액을 환급받았다. 펀드가 세액을 환급받았으므로 투자자는 분배받은 소득에 대하여 외국납부 세액공제를 적용하지 않았다. 그러나 2025.1.1.부터는 국세청에서 펀드에 세액을 환급하는 제도를 폐지하고, 투자자가 각자 외국납부세액공제를 하도록 하였다. 2025.12.23. 다시 「법인세법」을 개정하여 공제한도금액 계산방식을 변경하여 2026.1.1. 이후 신고분부터 적용하도록 하였다.
〈개정이유〉 법인의 간접투자 외국납부세액공제 적용 합리화
〈적용시기〉 2026.1.1. 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용
| 종 전 | 종 전 | 개 정 |
|---|---|---|
| <신설> | □ 익금의 범위 ㅇ 익금으로 보는 금액 <추 가> |
□ 간접투자외국법인세액 추가 - 세액공제 대상인 간접투자 외국법인세액(ⓐ) |
| □ 법인세 신고 시 간접투자 외국납부세액공제 적용 방식 ㅇ (공제금액) 간접투자외국법인세액에 과세표준 한계세율을 고려한 비율을 곱한 금액 ㅇ (공제한도금액) A × B / C - A : 산출세액 - B : 펀드등으로부터 지급받은 소득* 합계액 * 외국납부세액이 발생한 소득에 한정 - C : 과세표준 ㅇ(이월공제) 공제한도금액 초과분은 10년간 이월하여 공제 적용 |
□ 공제한도금액 계산 방식 변경 ㅇ (좌 동) ㅇ (좌 동) - (좌 동) - B : 펀드등으로부터 지급받은 소득* 합계액 + ⓐ * 외국납부세액이 발생한 소득 여부와 무관 - (좌 동) * 외국납부세액을 익금의 범위에 포함함에 따라 A, C에도 ⓐ가 반영되는 결과 ㅇ (좌 동) |
〈적용시기〉 2026.1.1. 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용
「조세특례제한법」 관련 개정내용
1. 중소기업
(1) 중소기업 배제 대상 확대
소비성서비스업은 「조세특례제한법」상 중소기업 배제 업종이고, 통합투자세액공제(조특법 §24), 고용증대세액공제(조특법 §29의 7), 통합고용세액공제(조특법 §29의 8)를 적용받을 수 없다. 2024.3.22. 시행규칙 개정 시 무도장운영업, 사행행위업, 안마시술소, 마사지업이 소비성서비스업에 포함되었다. 개정규정은 2024.3.22. 이후 개시하는 과세연도부터 적용되므로 12월말 결산법인은 2025년에 대한 세무조정을 할 때부터 개정규정을 적용해야 한다.
□ 중소기업 배제 대상
□ 중소기업 배제 대상
| 2024.3.22. 전에 개시하는 과세연도까지 적용 | 2024.3.22. 이후 개시하는 과세연도부터 적용 → 12월말 결산법인은 2025년부터 적용 |
2025.2.28. 이후 개시하는 과세연도부터 적용 → 12월말 결산법인은 2026년부터 적용 |
|---|---|---|
| ⑴ 소비성서비스업 ① 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업 제외) ② 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥 음식점업은 제외) | ⑴ 소비성서비스업 ┐ │ │ │ㅇ (좌 동) │ │ ┘ ③ 무도장운영업 ④ 기타 사행시설 관리 및 운영업(「관광진흥법」제5조 또는 「폐광지역 개발 지원에 관한 특별법」제11조에 따라 허가를 받은 카지노업은 제외) ⑤ 유사 의료업 중 안마를 시술하는 업 ⑥ 마사지업 |
⑴ 소비성서비스업 ┐ │ │ │ │ │ │ㅇ (좌 동) │ │ │ │ │ │ ┘ ⑵ 부동산임대업 ⑶ 부동산임대업을 주업으로 하는 등 일정한 요건을 갖춘 특정법인(법령 §42 ②) ① 지배주주 등 지분율 50% 초과 ② 부동산임대업이 주된 사업이거나 부동산임대ㆍ이자ㆍ배당소득이 매출액의 50% 이상 ③ 상시근로자 수가 5인 미만 |
(2) 중기업 규모 확대(중기령 [별표 1])
중소기업은 해당 과세연도의 매출액이 「중소기업기본법 시행령」 [별표 1]의 기준에 해당해야 조특법상 중소기업이 될 수 있다. 중기령 [별표 1]의 중기업 규모기준이 2015년에 개정된 후 물가상승 등으로 매출이 증가하여 중기업에서 졸업하는 사례가 발생하였다.
이에 따라 2025.9.1. 중소기업 규모기준인 [별표 1]의 44개 업종 중 16개 업종의 중기업 매출 기준을 상향조정하였다.
〈시행시기〉 개정규정은 2025.9.1.부터 시행한다.
〈경과규정〉 2025.9.1.이 속하는 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날 당시 「중소기업기본법」에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 [별표 1]의 개정규정에 따른 중소기업 규모 기준의 변동으로 다시 중소기업에 해당하게 되는 경우에는 유예규정을 1회만 적용한다는 규정(중기령 §9 3호)에도 불구하고 이 영 시행 이후 1회에 한정하여 유예기간(중기법 §2 ③ 본문)을 적용한다. 䡸 이 경과규정은 「중소기업기본법」상 중소기업을 판단하는 경우에만 적용되므로 조특법상 중소기업을 판단하는 경우에는 적용할 수 없다.
이에 따라 2025.9.1. 중소기업 규모기준인 [별표 1]의 44개 업종 중 16개 업종의 중기업 매출 기준을 상향조정하였다.
| 업종코드 | 중기업 범위기준 조정업종 | 종 전 | 개 정 |
|---|---|---|---|
| C17 | 펄프, 종이 및 종이제품 제조업 | 1,500억원 | 1,800억원 |
| C24 | 1차 금속 제조업 | ||
| C28 | 전기장비 제조업 | ||
| C10 | 식료품 제조업 | 1,000억원 | 1,200억원 |
| C20 | 화학물질 및 화학제품 제조업(의약품 제조업 제외) | ||
| C22 | 고무제품 및 플라스틱제품 제조업 | ||
| C25 | 금속가공제품 제조업(기계 및 가구 제조업 제외) | ||
| C29 | 그 밖의 기계 및 장비 제조업 | ||
| C30 | 자동차 및 트레일러 제조업 | ||
| C31 | 그 밖의 운송장비 제조업 | ||
| F | 건설업 | ||
| G | 도매 및 소매업 | ||
| C33 | 그 밖의 제품 제조업 | 800억원 | 1,000억원 |
| H | 운수 및 창고업 | ||
| J | 정보통신업 | ||
| N(N76 제외) | 사업시설관리, 사업지원 및 임대 서비스업(임대업 제외) | 600억원 | 800억원 |
〈경과규정〉 2025.9.1.이 속하는 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날 당시 「중소기업기본법」에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 [별표 1]의 개정규정에 따른 중소기업 규모 기준의 변동으로 다시 중소기업에 해당하게 되는 경우에는 유예규정을 1회만 적용한다는 규정(중기령 §9 3호)에도 불구하고 이 영 시행 이후 1회에 한정하여 유예기간(중기법 §2 ③ 본문)을 적용한다. 䡸 이 경과규정은 「중소기업기본법」상 중소기업을 판단하는 경우에만 적용되므로 조특법상 중소기업을 판단하는 경우에는 적용할 수 없다.
2. 창업중소기업 등에 대한 세액감면
(1) 신성장서비스업 우대 종료, 고용증대 추가감면 상향, 감면한도 신설, 적용기한 연장(조특법 §6)
| 종 전 | 개 정 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| □ 창업중소기업 세액감면 ㅇ (대상업종) 제조업 등 20개 ㅇ (감면율) 업종ㆍ지역별 차등 - 신성장서비스업 우대(2024년까지*) : 초기 3년간 +25%p * 2024.12.31. 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업(청년창업중소기업은 제외), 2024.12.31.까지 벤처기업으로 확인받은 창업벤처중소기업 및 2024.12.31.까지 에너지신기술 중소기업에 해당하는 경우 - 고용증대 추가감면
|
□ 감면율 정비 등 제도 합리화 ㅇ (좌 동) ㅇ (좌 동) - 적용기한 종료 - 고용증대추가감면 상향
ㅇ 2027.12.31 |
(신성장서비스업* 우대 종료) 업종 간 과세형평 제고를 위해 신성장서비스업 우대 감면율 적용기한 종료 * S/W(정보서비스 등), 콘텐츠(영상제작 등), 관광, 물류, 사업서비스, 교육 (감면한도 설정) 특정 기업에 감면이 집중되지 않도록 한도 설정(연간 5억원) 〈적용시기〉 2025.1.1. 이후 창업중소기업을 창업하는 경우, 창업보육센터사업자로 지정을 받는 경우, 벤처기업으로 확인받는 경우 또는 에너지신기술중소기업에 해당하게 되는 경우부터 적용하도록 함.
(2) 중복지원 배제 개편(조특법 §127 ④)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 세액감면과 세액공제 간 중복적용 배제 ㅇ 중복배제 적용 세액감면 - 창업중소기업 세액감면, 중소기업특별세액감면 등 ㅇ 중복배제 적용 세액공제 - 통합투자세액공제, 고용창출투자세액공제 등 ㅇ 창업중소기업 세액감면의 고용증대 시 추가 감면규정(조특법 §6 ⑦)에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받는 경우에는 고용증대세액공제(조특법 §29의 7) 또는 통합고용세액공제의 기본공제(조특법 §29의 8 ①)를 동시에 적용하지 아니함 |
□ 창업중소기업 세액감면과 통합고용세액공제 중복배제 확대 ┐ │ │ㅇ (좌 동) ┘ ㅇ 창업중소기업 세액감면(조특법 §6)에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받는 경우에는 고용증대세액공제(조특법 §29의 7) 또는 통합고용세액공제(조특법 §29의 8)를 동시에 적용하지 아니함. |
〈적용시기〉 2025.1.1. 이후 창업중소기업을 창업하는 경우, 창업보육센터사업자로 지정을 받는 경우, 벤처기업으로 확인받는 경우 또는 에너지신기술중소기업에 해당하게 되는 경우부터 적용함.
3. 중소기업에 대한 특별세액감면
(1) 중소기업특별세액감면대상에 중기업 규모 출판업 추가(조특법 §7 ①)
영상콘텐츠의 제작비용에 대한 특례에 비해 K-문화콘텐츠의 원형인 출판업에 대하여는 세제혜택이 없으므로 중소기업 특별세액감면 대상에 일반서적출판업 중 수도권 소재 중기업을 추가해서 10%를 감면하도록 하였다.
〈개정이유〉 출판업 지원 확대
〈적용시기〉 2025.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용
□ 한국표준산업분류상 일반서적출판업의 범위
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 중소기업 특별세액감면 ㅇ (업종) 제조업 등 48개 ㅇ (감면율) 5 ∼ 30%  ㅇ (적용기한) 2025.12.31. |
□ 창업중소기업 세액감면과 통합고용세액공제 중복배제 확대 ㅇ (좌 동) ㅇ 수도권에서 일반서적출판업을 영위하는 중기업에 대한 감면율 상향 : 0 → 10%  ㅇ (좌 동) |
〈적용시기〉 2025.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용
□ 한국표준산업분류상 일반서적출판업의 범위
| 서적출판업(5811) | 설명 | 수도권지역의 중기업 감면 여부 |
|---|---|---|
| (58111) 교과서 및 학습 서적 출판업 | 초ㆍ중ㆍ고등학교 교과서 및 교과 관련 학습지, 참고서 등을 출판하는 산업활동 <예시> 교과서 출판, 학습지 출판, 참고서 출판, 국어사전 출판 |
× |
| (58112) 만화출판업 | 만화를 출판하는 산업활동 <예시> 만화책 출판, 인터넷 웹툰 출판 |
× |
| (58113) 일반서적출판업 | 학습 서적, 만화, 잡지 및 정기 간행물을 제외한 각종 서적이나 서적 성격의 팸플릿을 출판하는 산업활동 <예시> 소설 및 수필집 출판, 동화책 출판, 여행 가이드 서적 출판, 지도 및 해도 출판, 사업체 목록 출판, 전화번호부 출판, 판례집 출판, 정보 목록부 출판, 인터넷 웹 소설 출판 | ○ |
(2) 소기업 범위 확대
2015년 개정 이후 물가상승과 글로벌 원자재 공급망 악화로 인한 원가 급증으로 단순 매출 증가로 소기업에서 제외되는 사례가 발생하였다. 이에 2025.9.1. 소기업 규모기준(중기령 [별표 3])의 43개 업종 중 12개 업종의 소기업 매출 기준을 상향조정하였다.
| 업종코드 | 소기업 범위기준 조정업종 | 종 전 | 개 정 |
|---|---|---|---|
| C19 | 코크스, 연탄 및 석유정제품 제조업 | 120억원 | 140억원 |
| C24 | 1차 금속 제조업 | ||
| H | 운수 및 창고업 | 80억원 | 100억원 |
| K | 금융 및 보험업 | ||
| G | 도매 및 소매업 | 50억원 | 60억원 |
| E(E36 제외) | 수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료재생업(순수익 제외) | 30억원 | 40억원 |
| L | 부동산업 | ||
| C34 | 산업용 기계 및 장비 수리업 | 10억원 | 15억원 |
| I | 숙박 및 음식점업 | ||
| P | 교육 서비스업 | ||
| Q | 보건업 및 사회복지 서비스업 | ||
| S(S94 제외) | 수리(修理) 및 기타 개인 서비스업 |
4. 연구ㆍ인력개발비 세액공제
(1) 점감구조 도입(조특법 §10 ①)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 연구ㆍ인력개발비 세액공제 ㅇ (대상) 기업이 지출한 연구ㆍ인력개발비용 ㅇ (공제율)  *1 추가분 : 최대 10%(R&D 지출액/매출액 × 3) *2 (~3년)15%, (4 ~ 5년)10%, (6년~) 8%- 코스닥상장 중견기업의 신성장ㆍ원천기술연구ㆍ인력개발비 : 기본 25%, 추가 최대 15% |
□ 중소기업 졸업 후 공제율 점감구조 도입 ㅇ (좌 동) ㅇ 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 3 ~ 5년간 점감구조 도입  *1 (좌 동) *2 (~3년) 20%, (4 ~ 5년)15%, (6년~) 8% *3 (~3년) 25%, (4년~) 20% *4 (~3년) 35%, (4년~) 30% <삭 제> |
| □ 국가전략기술과 신성장ㆍ원천기술 R&D비용 세액공제 적용기한 ㅇ (대상) 국가전략기술(7개 분야) 및 신성장ㆍ원천기술 (14개 분야) R&D비용 ㅇ (적용기한) 2024.12.31. |
□ 적용기한 연장 ㅇ (좌 동) ㅇ 2027.12.31 |
(코스닥상장 중견기업 우대 폐지) 이미 성장한 중견기업에 대한 지원은 종료하되, 상대적으로 상장이 어려운 중소기업의 상장을 집중 지원 〈적용시기〉 (점감구조 도입) 2025.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우부터 적용
(코스닥상장 우대 공제율 폐지) 2024.12.31.이 속하는 과세연도에 코스닥상장 중견기업이 지출한 비용은 종전 규정 적용
(2) 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 비용 범위 확대(조특령 §9, [별표 6] ; 조특칙 §7 ⒃)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ R&D 세액공제가 적용되는 비용 ㅇ 일반 분야 : ➊ ~ ➑ 국가전략기술, 신성장ㆍ원천기술 분야 : ➊ ~ ➌ ➊ 위탁ㆍ공동 연구개발비 ➋ 재료비 ➌ 인건비 ➍ 소프트웨어 대여ㆍ구입비 - 단, 문화상품 제작 목적에 한정 ➎ R&D용 시설 임차료 ➏ 기술정보비, 기술지도비 ➐ 디자인 개발지도비 ➑ 특허 조사ㆍ분석비 <추 가> |
□ 적용범위 확대 ㅇ 일반 분야 : ➊ ~ ➒ 국가전략기술, 신성장ㆍ원천기술 분야 : ➊ ~ ➒ ┐ │ㅇ (좌 동) ┘ ➍ 소프트웨어 대여ㆍ구입비 단, 인사, 급여 등 일반사무에 사용하는 소프트웨어로서 기획재정부령으로 정하는 소프트웨어*는 제외 ㅇ (좌 동) ➒ 클라우드컴퓨팅서비스의 이용에 필요한 비용 |
① 인사, 급여, 회계 등 지원업무용 소프트웨어
② 문서, 도표 등 일반 사무용 소프트웨어
③ 컴퓨터 등 구동을 위한 기본운영체제 소프트웨어 〈개정이유〉 기업의 연구개발 지원 확대
〈적용시기〉 2025.2.28.이 속하는 과세연도에 발생하는 분부터 적용
(3) R&D 세액공제 대상 인건비 구분 개선(조특칙 §7)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ R&D 세액공제가 적용되는 인건비의 범위 ㅇ 국가전략기술, 신성장ㆍ원천기술과 일반 R&D를 공동으로 수행하는 경우 일반 R&D 공제율 적용 |
□ 인건비 범위 확대 ㅇ 50%를 초과하는 시간을 국가전략기술 또는 신성장ㆍ원천기술 R&D에 투입하는 경우 투입시간*만큼 안분하여 R&D 공제율 적용 * 다만, 국가전략기술 R&D 투입시간이 50% 미만인 경우에는 국가전략기술 R&D 투입시간을 신성장ㆍ원천기술 R&D 투입시간으로 간주 |
〈적용시기〉 2025.3.21.이 속하는 과세연도에 발생하는 분부터 적용
국가전략기술 연구 시 해당 기술과 연관된 일반 연구를 함께 수행하는 경우가 발생하는 점을 고려하여 연구원이 실제 연구한 시간에 맞게 세액공제를 적용하여 국가전략기술 등 첨단 분야의 연구개발을 촉진 예 연간 실제 투입시간 비율이 국가전략기술 90%, 일반 10%인 연구원
(종전) 인건비의 100%에 대하여 일반 공제율 적용
(개정) 인건비의 90%는 국가전략기술 공제율, 인건비의 10%는 일반 공제율 적용 실제 연구 투입시간에 따른 공제율을 적용받기 위해서는 R&D 세액공제 신청 시 연구원의 실제 투입 시간 입증 자료를 국세청에 추가로 제출 필요
(종전) 인건비의 100%에 대하여 일반 공제율 적용
(개정) 인건비의 90%는 국가전략기술 공제율, 인건비의 10%는 일반 공제율 적용 실제 연구 투입시간에 따른 공제율을 적용받기 위해서는 R&D 세액공제 신청 시 연구원의 실제 투입 시간 입증 자료를 국세청에 추가로 제출 필요
(4) 국가전략기술 등 공동ㆍ위탁 연구개발 적용범위 확대(조특칙 §7)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 공동ㆍ위탁 R&D 세액공제가 적용되는 전담기관의 범위 ㅇ 전담부서등 - 단, 국가전략기술, 신성장ㆍ원천기술의 경우 국가전략기술 또는 신성장ㆍ원천기술 연구개발업무만을 수행할 것 | □ 전담기관의 범위 확대 ㅇ 전담부서등 <삭 제> |
〈적용시기〉 2025.3.21.이 속하는 과세연도에 발생하는 분부터 적용
(5) 임직원 외의 자에 대한 인력개발비 세액공제(조특령 [별표 6])
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 인력개발비 세액공제 ㅇ (적용대상) - 연구요원의 위탁훈련비 - 사내직업능력개발훈련 및 직업능력개발훈련 소요 비용 - 중소기업에 대한 인력개발, 기술지도 비용 - 사내기술대학, 사내대학 운영비 - 산업수요 맞춤형 고등학교 등과의 계약을 통해 설치ㆍ운영되는 직업교육훈련과정, 학과 등 운영비 등 <추 가> |
□ 적용대상 추가 ┐ │ │ │ㅇ (좌 동) │ │ ┘ - 사내 교육프로그램을 청년 등 일반에게 제공하기 위해 추가로 소요되는 비용*에 대해 인력개발비 세액공제 적용 * 강의료, 교재비, 실습재료비, 용품비로 하되, 수익(수강료)은 차감 |
〈적용시기〉 2025.2.28.이 속하는 과세연도에 발생하는 분부터 적용
5. 연구개발출연금에 대한 과세특례 인정범위 확대(조특법 §10의 2)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 연구개발 관련 출연금 등 과세특례 ㅇ 대상 : 연구개발 관련 출연금 등을 받은 내국인 ㅇ 과세특례 대상 출연금 - 연구개발 등을 목적으로 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률*에 따라 받은 출연금 등의 자산 * 「산업기술혁신촉진법」, 「중소기업기술혁신촉진법」, 「정보통신산업진흥법」 등 ㅇ 과세특례 - 출연금 수령 시 익금불산입 - 연구개발비 지출 및 관련 자산취득 시 익금산입 ㅇ 적용기한 : 2026.12.31. |
□ 과세특례 대상 출연금 확대 ㅇ (좌 동) ㅇ 과세특례 대상 출연금 - 연구개발 등을 목적으로 국가, 지방자치단체, 공공기관 및 지방공기업으로부터 받은 출연금 등의 자산 ㅇ (좌 동) ㅇ (좌 동) |
6. 성과공유 중소기업 경영성과급에 대한 세액공제 등의 적용기한 연장 및 재설계(조특법 §19)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 성과공유 중소기업*1이 지급하는 경영 성과급*2에 대한 세액공제 등 *1 경영성과급 지급 등을 통해 근로자와 성과를 공유하고 있거나 공유하기로 약정한 중소기업 *2 경영목표 설정 및 목표 달성에 따른 성과급 지급을 사전 서면 약정하고 근로자에게 지급하는 성과급 ➊ 경영성과급을 지급한 중소기업에 대한 소득세ㆍ법인세 세액공제 - (공제율)15% 공제 - (적용기한) 2024.12.31. |
□ 적용기한 연장 등 ㅇ 공제율 인하 및 적용기한 연장 - 15% → 10% - 2027.12.31. |
7. 통합투자세액공제
(1) 통합투자세액공제대상에 임대용 자산 제외 및 점감구조 도입(조특법 §24 ①)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 통합투자세액공제 ㅇ (대상) 사업용 유형자산 등에 대한 투자 ㅇ (제외) 중고품, 금융리스를 제외한 리스자산 ㅇ (공제율)  * (당해연도 투자액 - 직전 3년 평균 투자액) × 추가공제율 |
□ 중소기업 졸업 후 공제율 점감구조 도입 ㅇ (좌 동) ㅇ (제외) 중고품, 금융리스를 제외한 리스자산, 임대용 자산* * 자신의 사업에 직접 사용하지 않고 다른 사람에게 임대할 목적(임대사업자의 임대 포함)으로 취득한 자산 ㅇ 세액공제율 : ①과 ②를 동시에 적용받을 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만 적용함. ① 일반적인 세액공제율  *1 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우로서 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 *2 (당해연도 투자액 - 직전 3년 평균 투자액) × 추가공제율(10%)② 임시투자세액공제  * 추가공제 : (당해연도 투자액 - 직전 3년 평균 투자액) × 추가공제율(10%) |
〈적용시기〉 (임대용 자산 적용배제 및 추가공제율 인상) 2025.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 투자하는 경우부터 적용
(점감구조) 2025.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우부터 적용
(2) 중소기업과 중견기업의 2025년의 투자분에 대한 임시투자세액공제 선택 적용(조특법 §24)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 임시투자세액공제 <신 설> | □ 중소기업과 중견기업의 투자에 대한 임시투자세액 공제 적용 ㅇ 2025년 투자에 적용되는 공제율  * (당해연도 투자액 - 직전 3년 평균 투자액), 2025년부터는 임시투자세액공제와 관계없이 10% |
〈적용시기〉 (2025년 투자분) 2025.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용
(3) 바이오의약품 분야 통합투자세액공제 대상 명확화(조특칙 §12, [별표 1])
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 기계장치 등 사업용 유형자산 외의 통합투자세액공제 적용대상 ㅇ (운수업) 차량 및 운반구 ㅇ (도매업 등) 창고시설 등 ㅇ (전문휴양업) 숙박시설 등 <추 가> |
□ 바이오의약품 분야 적용대상 확대 ┐ │ㅇ (좌 동) ┘ ㅇ (바이오) - 바이오의약품 제조 공정 간 기계장치를 연결하는 배관시설 - 바이오의약품 제약용수 관련 설비(정제수설비, 증기제조기 등) |
8. 통합고용세액공제 제도 정비
(1) 세제지원의 대상이 되는 경력단절자 범위 확대(조특법 §29의 8, §30)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 조세특례* 적용대상인 경력단절여성 * 통합고용세액공제 우대, 중소기업 취업자 소득세 감면 ➊ (성별) 여성 ➋ (업종) 동일 업종* 기업에서 1년 이상 근무 * 표준산업분류상 중분류 동일 ➌ (퇴직사유) - 결혼ㆍ임신ㆍ출산ㆍ육아ㆍ자녀교육 <추 가> ➍ (퇴직기간) 퇴직 후 2년 이상 15년 미만일 것 |
□ 경력단절자 범위 확대 <삭 제> ➋ 1년 이상 근무(동일 업종 기업 취업 요건 폐지) ➌ 퇴직사유 추가 - (좌 동) - 가족돌봄 ➍ (좌 동) |
〈적용시기〉 (통합고용세액공제) 2025.1.1. 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 하여 통합고용세액공제를 신청하는 분부터 적용
(중기취업자감면) 법 시행 이후 취업하는 분부터 적용
(2) 북한이탈주민 통합고용세액공제 우대대상 추가(조특령 §26의 8)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 통합고용세액공제 우대대상 ㅇ 청년 정규직ㆍ장애인ㆍ60세 이상ㆍ경력단절 근로자 <추 가> |
□ 통합고용세액공제 우대대상인 청년 등에 북한이탈 주민을 추가 ㅇ (좌 동) ㅇ 북한이탈주민* 근로자 * 「북한이탈주민의 보호 및 정착지원에 관한 법률」제2조 제1호에 따른 북한이탈주민 |
〈적용시기〉 2025.1.1. 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 하여 통합고용세액공제를 신청하는 분부터 적용
※ (경과규정) 2024.12.31. 이전에 개시하는 과세연도에 고용한 북한이탈주민에 대해서는 종전 규정 적용
(3) 통합고용세액공제 신청 시 제출서류 추가(조특령 §26의 8 ⑪)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 통합고용세액공제 신청서류 ㅇ 세액공제신청서, 공제세액계산서 <추 가> |
□ 신청 시 제출서류 추가 ㅇ (좌 동) ㅇ 상시근로자 명세서 |
〈적용시기〉 2025.2.28.이 속하는 과세연도분부터 적용
9. 농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면 신규지정지역 추가(조특칙 §25)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 중소기업 특별지원지역 입주기업 세액감면 적용지역 ㅇ 나주일반산업단지, 김제지평선일반산업단지 등 ㅇ 담양일반산업단지, 대마전기자동차산업단지 * (지정기간) 2023.3.21. ∼ 2025.3.20. <추 가> |
□ 지정기간 만료지역 삭제, 신규지정지역 추가 ㅇ (좌 동) <삭 제> ㅇ 장성 동화농공단지ㆍ장성삼계농공단지ㆍ장성동 화농공단지, 장성황룡면 월평 준공업지역 |
〈적용시기〉 지정기간 만료일 또는 신규지정일 이후 해당 지역에 입주한 경우부터 적용
10. 해운기업 법인세 과세표준 특례 적용기한 연장 및 재설계(조특법 §104의 10 ①ㆍ⑧ ; 조특령 §104의 7 ④)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
□ 해운기업 법인세 과세표준 계산 특례 제도 ㅇ (특례내용) 해운기업 법인세 과세표준을 선박톤수, 운항일이익, 운항일수 등을 기준으로 계산 * 과세표준(선박표준이익) = ∑(개별선박의 순톤수 × 톤당 1운항일이익 × 운항일수 × 사용률) - (운항일이익) 모든 선박에 동일한 운항일이익 적용  ㅇ (제출서류) 요건명세서, 해양수산부장관의 확인서 * 관할 세무서장에게 제출 <추 가> ㅇ (적용기한) 2024.12.31 |
□ 운항일이익 조정 등 제도 재설계 ㅇ (좌 동) - 기준선박이 아닌 선박에 대한 운항일이익 30% 인상  ※ 기준선박 : 해당 기업 소유 선박 + 국적취득조건부 나용선 + 소유권 이전 연불조건부 리스 선박 ㅇ (좌 동)- 선박 보유 현황 및 기준선박 투자 계획서 * 해양수산부장관에게 제출 ㅇ 2029.12.31. |
〈적용시기〉 2025.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용
물가 및 운임료 상승 등을 고려하여 ‘기준선박이 아닌 선박(용선)’에 대한 톤당 1운항일이익을 인상하여 선사가 직ㆍ간접적으로 보유하는 국적선박의 확충을 유도함으로써 국내 선박건조 확대, 해운업 경쟁력 강화 도모
11. 용역제공자 과세자료 제출에 대한 세액공제 확대(조특령 §104의 29 ①)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 용역제공자에 관한 과세자료 제출에 대한 세액공제 ㅇ (공제금액) 용역제공자* 1인당 300원을 소득ㆍ법인세에서 공제 * 용역제공자 인적사항, 용역제공기간 등 기재하여야 할 사항을 기재하여 제출한 인원으로 한정 ㅇ (공제한도) 사업자별 연간 200만원 |
□ 세액공제 금액 확대 ㅇ 300원 → 500원 ㅇ (좌 동) |
〈적용시기〉 2025.2.28.이 속하는 과세연도에 과세자료를 제출하는 분부터 적용
12. 해외건설자회사 대여금 출자전환 손금산입 특례 신설(조특법 §104의 33)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| <신 설> | □ 해외건설자회사 대여금 출자전환 차액 상당액에 대한 손금산입 특례 ㅇ (적용대상) 해외건설사업자인 내국법인 ㅇ (특례내용) 출자전환한 해외건설자회사 대여금 출자전환 차액 상당액*을 손금으로 인정 * 출자전환한 주식등의 시가와 대여금등의 장부가액 간 차이 등을 고려하여 대통령령으로 규정 ㅇ (적용요건) 다음 요건 모두 충족 - ➊ 해외건설자회사의 사업비용으로 사용한 대여금(업무무관 가지급금이 아닐 것)을 출자전환 - ➋ 출자전환 이후 5년 이상 경과 - ➌ 해외건설자회사가 최근 10년 동안 계속해서 완전자본잠식(순자산 < 0) ㅇ (손금한도) 매 사업연도마다 출자전환 차액 상당액의 10%를 한도액*로 최대 10개 사업연도 기간 동안 손금산입 * 매 사업연도 종료일 기준 해외건설자회사의 순자산 장부가액이 0보다 큰 경우 해당 금액을 차감 ㅇ (사후관리) ➊ 출자전환으로 취득한 주식등을 처분하거나, ➋ 출자전환 이후 순자산 장부가액이 증가하는 경우 해당 차액을 익금에 산입 |
〈적용시기〉 2025.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용
13. 이스포츠(e-sports) 대회 운영비용 세액공제 신설(조특법 §104의 35)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| <신 설> | □ 이스포츠대회 운영비용 세액공제 ㅇ (적용대상) 수도권 외 지역에서 이스포츠대회를 개최하는 내국법인 ㅇ (특례내용) 이스포츠대회 운영비용의 10%를 법인세에서 공제 ㅇ (적용기한) 2026.12.31. |
〈적용시기〉 2025.1.1. 이후 발생하는 비용부터 적용
14. 기회발전특구 창업기업 세액감면 업종 추가(조특령 §116의 36)
| 종 전 | 개 정 |
|---|---|
| □ 기회발전특구 창업기업 세액감면 대상업종 ㅇ 제조업, 연구개발업, 기타 과학기술 서비스업 등 ㅇ 신ㆍ재생에너지를 이용해 전기를 생산하는 사업 <추 가> ┌ └ |
□ 업종 추가 ┐ㅇ (좌 동) ┘ ㅇ신ㆍ재생에너지를 사업자에게 공급하는 사업 ㅇ 천연가스를 사업자에게 공급하는 사업 |
〈적용시기〉 2025.2.28.이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 적용
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| 2025년 결산 시 반드시 알아야 할 개정세법, 판례 및 예규의 주요 내용(1) | 2025.12.01 |
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