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법인결산 및 세무조정 시 검토해야 할 사항

BY 한지석 2026.03.01

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#법인결산 #법인세

법인세 관련 예규 및 판례
2025년 귀속분 법인세 신고 시 반영될 개정사항
2026년 이후 귀속분 법인세 신고 시 반영될 개정사항

법인세 관련 예규 및 판례

장애인 고용부담금의 손금산입 여부

세금과 공과금도 손비로서 손금의 범위에 포함되지만 「법인세법」 제21조 제5호에 따르면 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금은 손금에 산입하지 아니하도록 되어 있다.
해당 법령을 기준으로 과세관청은 「장애인고용촉진 및 직업재활법」에 따라 근로자 50명 이상을 둔 사업주가 전체 근로자의 3.1% 이상을 장애인으로 고용하지 않으면 일정 금액을 부담하도록 되어있는 장애인 고용부담금을 의무불이행에 대한 제재적 성격의 공과금으로 보아 손금에 산입할 수 없다고 해석해왔다.
그러나 서울고등법원에서는 “행정기본법이 ‘제재처분’이라는 개념을 도입한 취지는 그 근거 법령 적용의 기준시점(제14조), 주체ㆍ사유ㆍ유형ㆍ상한 및 재량 행사시 고려할 사항 등 처분의 기준(제22조), 제척기간(제23조) 등을 정함으로써 국민의 권익을 보호하자는 것이지, 다른 법령, 특히 조세 관계법령에서 사용한 ‘제재’의 개념까지 포괄적으로 정의하려는 취지로 볼 것은 아니므로, 이를 근거로 이 사건 장애인 고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호에서 말하는 ‘제재’에 해당한다고 볼 수 없다.
피고는 그 밖에 정책 실현 목적의 부담금, 특히 유도적 부담금은 당연히 제재의 성격을 내포한다고 주장하나, 모든 행정상 제재가 어느 정도 정책의 실현의 목적을 가진다고는 볼 수 있을지 몰라도, 역으로 정책 실현의 목적에 이바지하는 모든 부담금이 제재라고 볼 수는 없는 것이므로, 위와 같은 주장은 합당한 논리적 근거를 갖추지 못한 것이다.
또한, 「법인세법 시행령」 부칙 <대통령령 제15564호, 1997.12.31.> 제11조는 종래 손금에 산입하던 공과금이 개정 법령에 따라 손금이 불산입하게 된 경우가 있음을 전제로 한 경과 규정일 뿐이지, 이를 장애인 고용부담금 손금불산입의 직접 근거로 볼 수 없다. 법인세 관계 법령의 개정 연혁을 보더라도, 1997.12.31. 개정 전 「법인세법 시행령」은 장애인 고용부담금은 손금산입하도록 명시적으로 규정하고 있었는데, 헌법재판소가, 공과금은 원칙적으로 손금산입하도록 규정하고 있음에도, 손금산입하는 공과금을 시행령에 열거적으로 규정하도록 위임한 것이 위헌이라는 결정에 따라, 손금불산입 대상인 공과금들을 모법에 포괄적 정의 규정의 형태로 열거하는 대신, 위 손금산입 규정을 시행령에서 삭제한 데 지나지 않고, 그 개정 전후 및 현재에 이르기까지 사회적인 변화나 정책적 전환 등으로 인해 장애인 고용부담금을 손금불산입할 필요성이 새로 생겼다거나, 법령 개정 또는 입법 과정에서 그에 대한 논의가 있었다고 보기 어려우며, 오히려 위 법령 개정 후 과세관청의 질의회신이나 하급심 판결(서울고등법원 2020.1.31. 선고 2019누35635 판결)을 보아도 장애인고용부담금은 줄곧 손금산입하여 왔던 것을 볼 수 있다”고 판단하였다(서울고등법원2023.12.5. 선고 2023누45325 판결).
서울고등법원의 판결에 따르면 장애인 고용부담금은 손금에 산입할 수 있는 것으로 판단할 수 있으나 조세심판원에서는 비슷한 사례에 대해서 “청구법인은 쟁점장애인 고용부담금을 제재로서 부과되는 공과금으로 볼 수 없고, 쟁점장애인고용부담금을 손금불산입하도록 한 기획재정부의 판단(쟁점유권해석) 또한 신뢰보호 원칙에 위배되므로 이 건 경정청구 거부처분이 부당하다고 주장하나, 공과금이 쟁점규정에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제ㆍ개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 해당 공과금에 대한 실질저인 내용을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인바, 「장애인고용촉진 및 직업재활법」에서 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인 고용부담금을 납부하도록 규정하고 있어, 이는 의무불이행에 대한 제재로서 쟁점규정에 정하는 손금불산입 대상 공과금에 해당한다고 보는 것이 합리적이라 할 것이 점, 장애인 고용부담금의 손금산입 관련 유권해석이 변경된 이후 청구법인이 이를 신뢰하여 2019 ~ 2021사업연도에 대한 법인세 신고 시 스스로 쟁점 장애인고용부담금을 각 손금불산입한 점 등을 고려하면, 쟁점 장애인 고용부담금을 손금산입 대상으로 보기는 어려워 보이고, 기획재정부의 쟁점유권해석 자체만으로 여기에 신의칙에 위배되는 위법이 있었다고 보기는 어려우므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다”고 해석하며 손금불산입 대상 공과금에 해당한다고 봐야 한다고 판단하였다(조심 2024서0529, 2024.9.26.).
서울고등법원 판결과 조세심판원의 판결의 결과가 서로 상이한 점, 서울고등법원 판결에 과세관청이 해당 사건을 대법원에 상소한 점을 고려해 보았을 때 대법원 판결에 따라 장애인 고용부담금의 손금산입 여부가 달라질 것으로 보인다.

「조세특례제한법」에 따른 창업에 해당하여 창업중소기업에 대한 세액감면 적용 여부

창업중소기업에 대한 세액감면의 경우 창업의 기준을 충족하는 경우에만 감면이 적용되도록 하였으며, “창업이라 함은 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업창출의 효과가 있는 경우에만 혜택을 주려는데 그 취지가 있으며, 중소기업을 새로이 설립하는 것을 말하는 것으로서 법인의 경우 창업일은 법인설립등기일이고, 개인사업자의 경우 「소득세법」, 「부가가치세법」에 따른 사업자등록을 한 날이 된다”고 대법원에서도 판단한 바가 있다(대법원 2014.3.27. 선고2011두11549 판결).
따라서 과세관청에서도 창업의 기준을 엄격하게 해석하여 적용해왔다. 이와 관련한 심사청구 건에서도 보면 “청구인은 종전사업장을 폐업한 후, 사업을 개시하면서 종전사업장에서 영위하던 업종과 같은 종류의 사업을 하는 경우로 창업에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당하므로 「조세특례제한법」 제6조 제1항에서 정하는 창업중소기업에 대한 세액감면을 부인한 처분은 정당하다. 국세청 대내포털시스템에 따르면, 청구인은 2020.4.6. 신규사업장을 개업하면서 2002.3.25. ∼ 2012.12.31. 동안 종전사업장에서 영위하였던 같은 업종인 서비스/선박임가공업(749603)을 영위하고 있음이 확인되며, 청구인이 이 건 심사청구 시 제출한 종전사업장 폐업사실증명서와 신규사업자 사업자등록증명서에서도 같은 업종을 영위하는 것으로 나타난다.
「조세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정된 것, 이하 같다) 제6조 제10항 제3호에서는 ‘폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우’에는 창업으로 보지 아니하는 것으로 규정되어 있는데, 청구인의 종전사업장과 신규사업장의 영위 업종이 같음은 앞서 살펴본 바와 같다.

그리고 정부는 중소기업의 창업을 촉진할 수 있도록 「조세특례제한법」 제6조에 창업중소기업 등에 대한 세액감면 규정을 두고 있으며, 동 조항은 「중소기업창업 지원법」과 그 시행령에서 정하고 있는 창업을 전제로 여기에 해당하는 중소기업에 대하여 세액감면의 혜택을 부여하고자 한 것이나, 「조세특례제한법」에서 「중소기업창업 지원법」 및 그 시행령과 달리 창업의 범위를 축소 운영하는 규정을 두고있는 경우, 창업중소기업에 대한 세액감면 적용 여부는 「조세특례제한법」과 그 시행령에 따라 판단하여야 하는 것(대법원 2007.7.13. 선고 2007두5240 판결, 대법원 2015.4.23. 선고 2013두10458 판결 참조)이다.
한편, 2020.10.8. 「중소기업창업 지원법 시행령」 제2조 제1항 제3호가 대통령령 제31108호로 개정되면서, ‘사업을 폐업한 날부터 3년 이상이 지난 후에 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 경우’에는 창업으로 보도록 규정되어 있다고 하더라도 위 대법원 판례 등에 비추어 볼 때, 「중소기업창업 지원법 시행령」의 개정규정은 이 건 「조세특례제한법」 제6조의 창업중소기업에 대한 세액감면에서는 적용될 여지가 없다(더불어, 신규사업장의 개업일은 2020.4.6.이고 개정된 「중소기업창업 지원법 시행령」의 시행시기는 2020.10.8.로 동 개정법령이 적용될 여지도 없다).
따라서 신규사업장과 종전사업장의 업종이 같아 「조세특례제한법」상세액감면의 적용대상인 창업에 해당하지 않는 것으로 보고, 창업중소기업에 대한 세액감면을 부인하고 한 처분청의 이 건 종합소득세 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다”고 하며 폐업 후 폐업 전과 같은 종류의 사업을 하는 경우 창업으로 보지 않는다고 해석하며 감면적용을 배제하였다(심사-소득20240020, 2025.1.17.)

창업벤처중소기업에 대한 세액감면 적용 여부

앞서 소개한 사례와 마찬가지로 창업요건을 충족하는지 여부에 따라 창업중소기업 세액감면 적용 여부가 달라진다. 분사창업의 요건을 충족하는 경우 창업한 것으로 보아 창업중소기업 세액감면을 받을 수가 있다.
이와 관련하여 조세심판원에서는 “조특법 제6조 제10항 제1항 나목과 같은 법 시행령 제5조 제21항에서는 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용함에 있어 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우에는 창업으로 보지 아니한다고 하면서도, 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 ‘기업과 사업을 개시하는 해당 기업의 임직원 간에 사업 분리에 관한 계약을 체결하고(제1호), 사업을 개시하는 임직원이 새로 설립되는 기업의 대표자로서 「법인세법 시행령」 제43조 제7항에 따른 지배주주등에 해당하는 해당 법인의 최대주 주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)인 경우’(제2호)에는 창업으로 본다고 규정하고 있으며, 「중소기업창업 지원법」 제2조 제1호와 같은 법 시행령 제2조 제1항 제1호 단서, 같은 법 시행규칙 제2조에서는 ‘창업’이란 중소기업을 새로 설립하는 것을 말하고, 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이나 그 외의 자가 사업을 개시하는 경우로서 ‘사업을 하던 자와 사업을 개시하는 자 간에 사업 분리에 관한 계약을 체결하고(제1호), 사업을 개시하는 자가 새로 설립되는 기업의 대표자로서 그 기업의 최대주주 또는 최대출자자인 경우’ 창업으로 본다고 규정하고 있다.
처분청은 청구법인이 비록 분사라는 창업의 외형을 충족하였다 하더라도 기존에 사용하던 사무실과 공장을 그대로 사용하였고, 기존 사업부에서 영위하던 영업 및 자산에 큰 변화가 없으며, 고용을 그대로 유지하는 등 실질적으로 새로운 사업을 최초로 개시하여 원시적인 사업창출을 한 효과가 없다고 보이므로 창업벤처중소기업 세액감면 적용 대상에 해당하지 아니한다는 의견이다.
살피건대, 중소기업 창업 관련 주무부처인 중소벤처기업부에서 청구법인에게 회신한 유권해석 자료(창업정책과, 2023.11.21.)에 의하면, 조특법 시행령 제5조 제21항 규정 체계와 유사한 「중소기업창업지원법 시행규칙」(2020.10.23. 중소벤처기업부령 제39호로 개정되기 전의 것) 제2조(사업분리의 요건) 제2호의 해석과 관련하여 ‘기존 기업이 사업의 일부를 분리하여 당해 기업의 임ㆍ직원이 승계하는 경우 분리하는 기업의 임ㆍ직원 중 1인이 인수기업의 대표자가 되고, 임ㆍ직원의 주식(출자지분)의 합계가 인수기업의 주주 또는 출자자중 최대가 되는 때에는 창업으로 인정한다’고 하였는바, 종업원 지주제로 설립된 청구법인의 경우, 피분사기업인 A과 사업분리계약을 체결하였고, 사업을 개시하는 임ㆍ직원이 대표이사이며, 임ㆍ직원들이 최대주주 또는 최대출자자에 해당하므로 조특법 관련 규정에 따른 창업의 법적 형식요건을 갖추었다고 보이는 점, 처분청은 청구법인이 창업(2017.6.22.) 후 3년 이내에 기술평가보증기금으로부터 벤처기업 확인(2020.5.23.)을 받았고, 조특법 제6조 제10항 제1호 나목 및 조특법 시행령 제5조 제21항에 의거 법률상 형식적 창업요건은 충족한다고 판단하면서도, 청구법인이 분사창업 당시 실질적으로 창업을 한 것으로 보기 어렵다 하여 이 건 경정청구를 거부하였으나, 실질적 창업 여부를 판단함에 있어 창업 시점을 기준으로 고용창출이나 투자효과, 매출구조 변경 여부를 파악하는 것은 통상 기존 사업부서의 자산과 인원을 어느 정도 승계하는 형태로 이루어지는 분사창업 형태의 특성을 고려하지 아니한 것으로 그 전제가 불합리하다 할 것이고, 이러한 분사창업에 있어 실질적인 창업이 이루어졌는지 여부에 대한 판단은 분사창업 당시 분사기업의 대표이사나 임직원(주주 포함)이 피분사기업과 독립적으로 분리되어 경영의 주체가 되었는지 여부, 창업 이후 실질적인 고용창출이나 투자의 효과가 있었는지 여부, 기존의 피분사기업에 소속되어 있을 때와는 차별화된 매출구조의 변경이 실질적으로 이루어져 왔는지 여부, 창업 이후 새롭게 진행된 신규사업이 존재하는지 여부 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인데, 청구법인의 경우 피분사기업인 A의 대표이사나 최대주주 등 경영진이 청구법인 경영진이나 지배주주인 최대주주등과 관련이 없고, 분사 이후 신규 고용에 따라 청구법인의 상시근로자 수가 지속적으로 증가한 것으로 나타나며, 분사창업 이후 2020년 말까지 청구법인이 직접 투자한 유ㆍ무형자산이 분사로 승계한 자산을 포함한 전체 취득자산 가액의 90%에 달하고, 청구법인의 분사 이후 기업활동 연혁과 내용(신규사업 세부내역서), 연간 해외매출액 비중 현황표 등에 의해 매출구조의 변경(해외매출 비중의 경우 분사창업 당시 0.8% → 39% 상승)이 이루어져 온 것으로 나타나므로 분사 후 사업창출의 효과가 있었다고 보이는 점, 처분청이 제시한 선결정례는 분사기업이 피분사기업의 핵심사업을 분리하면서 인적ㆍ물적시설을 그대로 승계하여 종전 영업형태를 그대로 영위하였고, 피분사기업의 최대주주인 대표이사가 분사기업을 사실상 지배하고 있으며, 청구법인과 달리 분사사업가치에 대한 평가를 하거나 사업양수도 대가를 주고받은 사실이 없어 이 건에 적용하기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인은 조특법 제6조 제2항 및 제10항 제1호 나목, 같은 법 시행령 제5조 제21항의 분사창업 요건을 충족한 창업중소기업 등에 해당된다고 판단되므로, 결국 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 있다고 판단된다”고 하며 창업의 요건을 충족한 것으로 보아 창업중소기업 세액감면 적용이 타당하다고 보았다(조심 2024중3578, 2025.4.9.).

부정과소신고가산세 부과 여부

「국세기본법」에 따라 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우 과소신고ㆍ초과환급신고가산세 적용 시 부정과소신고가산세 40%가 적용되며 국세 부과제척기간 계산 시에도 10년이 적용된다.
부정행위의 유형은 「조세범 처벌법」 제3조에 따라 다음의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
3. 장부와 기록의 파기
4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐 5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작 6. 「조세특례제한법」 제5조의 2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작 7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

이와 관련하여 조세심판원은 “청구법인은 2017사업연도부터 2019사업연도까지 실제 발생하지 않은 가공경비를 손금으로 계상하기 위해 사업연도의 말일에 쟁점가공경비를 증빙자료 없이 거짓 분개장, 전표 작성을 통해 일시에 비용처리하고 손금에 산입하여 법인세 과세표준과 세액을 과소 신고한 것으로 나타나고, 청구법인의 이러한 행위는 과세관청이 별도로 세무조사를 실시하지 아니할 경우 파악하기가 어려운 점(조심 2019전516, 2019.12.2. 등, 같은 뜻임), 이는 거래사실이 없음에도 거짓 전표작성 등을 통해 가공원가를 계상한 행위는 조세의 부과징수를 불가능하게 하거나 이를 현저히 곤란하게 한 것으로 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 제1호에서 규정하는 장부의 거짓 기장 또는 제7호의 그 밖에 부정한 행위에 해당하여 부정과소신고가산세 부과대상으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점가공경비에 대하여 부정과소신고가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다”고 하며 가공경비를 증빙 없이 비용으로 처리하여 법인세 과세표준과 세액을 과소 신고한 행위는 부정과소신고가산세 부과 대상이라고 보았다(조심 2023공10388, 2025.2.13.).

2025년 귀속분 법인세 신고 시 반영될 개정사항

창업중소기업 세액감면 축소

(1) 종전 규정

수도권 중 과밀억제권역 외 지역 창업은 지방과 동일하게 청년은 100%, 청년 외 일반 창업은 50% 감면율을 적용하였다. 고용증대로 인한 추가 감면의 경우 ‘상시근로자 증가율 × 50%’가 적용되었다.

구분		기본 감면		추가 감면
구분		수도권과밀억제권역	수도권 과밀억제권역 밖	추가 감면
창업중소기업		-	5년 50%(신성장서비스업 우대)	상시근로자 증가율 × 50%
	청년ㆍ생계형	5년 50%	5년 100%
벤처기업 등		5년 50%(신성장서비스업 우대)

(2) 개정된 규정

수도권 중 과밀억제권역 외 지역 창업은 청년은 100%에서 75%로, 청년 외 일반 창업은 50%에서 25%로 감면율이 축소되었다. 고용증대로 인한 추가감면의 경우 ‘상시근로자 증가율 × 50%’에서 ‘상시근로자 증가율 × 100%’로 추가감면율은 인상되었다.
종전 규정에 따르면 창업중소기업 세액감면으로 인한 감면에 별도로 한도가 없었으나 개정되면서 연간 5억원으로 한도가 생겼다.
개정된 내용은 2025.1.1. 이후 창업분부터 적용되나 수도권 지역 감면율 조정은 2026.1.1. 이후 창업하는 분부터 적용된다.

구분		기본 감면			추가 감면
		수도권과밀억제권역	수도권 과밀억제권역 밖
		수도권과밀억제권역	수도권	수도권 밖
창업중소기업		-	5년 25%	5년 50%	상시근로자 증가율 × 100%
	청년ㆍ생계형	5년 50%	5년 75%	5년 100%
벤처기업 등		5년 50%

통합고용세액공제 개편

(1) 종전 규정

1년 미만 기간제, 초단시간(주 15시간 미만) 근로자를 제외한 상시근로자를 채용하는 경우에만 통합고용 세액공제 혜택을 받을 수 있었다. 공제 후 최초 공제연도부터 2년간 고용유지 의무가 있었으며 상시고용인원이 감소 시 공제액의 상당분이 추징되었다.

구분	공제액(단위 : 만원)
	중소(3년		중견(3년)	대(2년)
	수도권	지방	중견(3년)	대(2년)
청년 정규직,장애인, 60세 이상, 경력단절여성 등	1,450	1,550	800	400
그 외 상시근로자	850	950	450	-

(2) 개정된 규정

상시근로자뿐만 아니라 1개월 이상 1년 미만 기간제근로자, 초단시간(주 15시간 미만) 근로자도 고용지원 대상에 포함되었다. 그뿐만 아니라 공제액 규모도 종전에 비해 상향되었으며 인건비 증가율에 따른 추가 공제액도 신설되었다.
종전 규정과 달리 상시고용인원이 감소하는 경우 추징되는 세액은 없으며 추가 세제혜택만 적용받지 못하도록 개정되었다.
※ (경과규정) 2024.12.31. 이전 상시근로자 증가에 대해서는 2025.1.1. 이후 개시하는 과세연도에도 종전 규정 적용

구분		공제규모(단위 : 만원, %)
		중소		중견	대
		수도권	지방	중견	대
계속 고용	청년, 장애인, 60세 이상, 경력단절자 등	2,200	2,400	1,200	400
계속 고용	그 외 계속고용	1,300	1,500	700	-
탄력 고용	인건비증가율 3 ~ 20%	증가분의 20%		증가분의 10%	-
탄력 고용	인건비증가율 20% 이상	20% 초과 증가분의 40%		20% 초과 증가분의 20%	-

통합투자세액공제 적용 대상에서 임대사업자의 임대용 자산 배제

(1) 종전 규정

통합투자세액공제 대상에서 제외되는 자산은 중고품, 운용리스 자산 등만 제외되었고 임대목적으로 취득하는 자산은 공제대상에서 포함되었었다.

(2) 개정된 규정

통합투자세액공제 대상에 자신의 사업에 직접 사용하지 않고 다른 사람에게 임대할 목적으로 취득하는 자산은 공제대상에서 제외한다.

통합투자세액공제 추가공제 금액에 대한 공제율 상향

(1) 종전 규정

해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 추가로 공제해준다.

구 분(%)	기본			추가^*
구 분(%)	대	중견	중소	추가^*
일 반	1	5	10	3
신성장ㆍ원천기술 사업화 시설	3	6	12	3
국가전략기술 사업화 시설	15		25	4

* 당해연도 투자액 - 직전 3년 평균 투자액

(2) 개정된 규정

해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 추가로 공제해준다.

구 분(%)	기본			추가^*
구 분(%)	대	중견	중소	추가^*
일 반	1	5	10	10
신성장ㆍ원천기술 사업화 시설	3	6	12
국가전략기술 사업화 시설	15		25

* 당해연도 투자액 - 직전 3년 평균 투자액

수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액감면 축소

(1) 종전 규정

2년 이상 계속하여 공장을 갖추고 사업을 한 기업으로서 수도권과밀억제권역 내 공장을 수도권과밀억제권역 외 수도권 내 이전 시 처음 5년간 100%, 다음 2년간 50%의 법인세를 감면한다.
※ 중소기업이 공장과 본사를 모두 이전시키는 경우로 한정

(2) 개정된 규정

수도권과밀억제권역 내 공장을 수도권 내로 이전하는 경우 수도권 중 수도권 인구감소지역^*으로 이전하는 경우에만 처음 5년간 100%, 다음 2년간 50%의 법인세를 감면한다.
또한, 이전 전 10년 내에 감면을 적용받은 기업은 제외하며 이전 전 2년 이상 영위한 업종과 동일한 업종을 영위해야 한다. * 수도권 중 인구감소지역 : 가평, 연천, 강화, 옹진군 ※ (경과규정) 2024.12.31.까지 기존 공장을 철거, 폐쇄하는 등 이전에 착수한 경우에는 종전 규정 적용

성실신고확인대상 소규모 법인에 대한 법인세 과표구간 및 세율 조정

(1) 종전 규정

성실신고 확인대상 소규모 법인도 다른 법인들과 마찬가지로 과세표준 2억원 이하의 경우 9%, 2억원 초과 200억원 이하의 경우 19% 세율로 과세가 적용되었다.

과세표준	세율
2억원 이하	9%
2억원 초과 200억원 이하	19%
200억원 초과 3,000억원 이하	21%
3,000억원 초과	24%

(2) 개정된 규정

성실신고 확인대상 소규모 법인^*에 대해서는 다른 법인들과 달리 200억원 이하 과세표준 구간에 대해서는 19% 세율로 과세가 적용된다. * 성실신고 확인대상 소규모 법인 : ➊ ~ ➌ 요건을 모두 갖춘 법인
➊ 지배주주등 지분율 50% 초과
➋ 부동산임대업이 주된 사업이거나 부동산 임대수입ㆍ이자ㆍ배당소득이 매출액의 50% 이상
➌ 상시근로자 수가 5인 미만

과세표준	세율
200억원 이하	19%
200억원 초과 3,000억원 이하	21%
3,000억원 초과	24%

2026년 이후 귀속분 법인세 신고 시 반영될 개정사항

법인세율 환원

(1) 종전 규정

일반 법인의 경우 과세표준 2억원 이하는 9%, 2억원 초과 200억원 이하는 19%, 200억원 초과 3,000억원 이하의 경우 21%, 3,000억원 초과의 경우 24%의 누진세율을 적용하였다.

과세표준	세율
2억원 이하	9%
2억원 초과 200억원 이하	19%
200억원 초과 3,000억원 이하	21%
3,000억원 초과	24%

성실신고 확인대상 소규모 법인의 경우 과세표준 200억원 이하는 19%, 200억원 초과 3,000억원 이하는 21%, 3,000억원 초과의 경우 24%의 누진세율을 적용하였다.

과세표준	세율
200억원 이하	19%
200억원 초과 3,000억원 이하	21%
3,000억원 초과	24%

(2) 개정된 규정

일반 법인의 경우 과세표준 2억원 이하는 10%, 2억원 초과 200억원 이하는 20%, 200억원 초과 3,000억원 이하는 22%, 3,000억원 초과의 경우 25% 세율로 과세구간별 1%p씩 법인세율을 상향 조정하였다.

과세표준	세율
2억원 이하	10%
2억원 초과 200억원 이하	20%
200억원 초과 3,000억원 이하	22%
3,000억원 초과	25%

성실신고 확인대상 소규모 법인의 경우도 200억원 이하는 20%, 200억원 초과 3,000억원 이하는 22%, 3,000억원 초과는 25% 세율로 과세구간별 1%p씩 법인세율을 상향 조정하였다.

과세표준	세율
200억원 이하	20%
200억원 초과 3,000억원 이하	22%
3,000억원 초과	25%

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