사업자가 일반과세자(세금계산서 발급의무가 있는 간이과세자 포함)로부터 재화나 용역을 공급받고 부가가치세액이 별도로 구분되는 신용카드매출전표등을 발급받은 경우 신용카드매출전표등 수령명세서를 제출하고 관련 공급가액과 세액을 기재한다.
신용카드매출전표등 수령명세서에는 신용카드별로 거래처별 합계금액을 기재해야 하나, 사업용 신용카드인 경우에는 거래처별 구분 없이 합계금액만 기재한다.
세금계산서 수취분과 달리 매입세액 불공제대상(비영업용 소형승용차 관련, 기업업무추진비 관련 등)은 제외하고 공제대상 매입내역만을 기재한다. 신용카드로 결제하고 동일거래에 대하여 세금계산서도 중복으로 수취하였다면 세금계산서에 의해 공제받아야 한다.
영수증 발급의무자가 발급한 신용카드매출전표등은 수취해도 매입세액을 공제받을 수 없다.

부가가치세 과세사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(면세농산물등)을 원재료로 제조가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우에 의제매입세액을 공제받을 수 있다.
의제매입세액은 면세농산물등의 매입가액에 의제매입세액공제율을 곱한 금액을 기재한다.
매입처별계산서합계표, 신용카드매출전표등 수령명세서 또는 매입자발행 계산서합계표에 포함된 매입가액만 의제매입세액 공제대상이 된다. 다만, 제조업을 경영하는 사업자가 농어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액 공제신고서(농어민의 성명, 주민등록번호 기재)만 제출하면 된다.

I 면세농산물등의 매입가액 I
I 의제매입세액 공제율 I
I 의제매입세액 공제한도 I
해당 과세기간에 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준(면세수입금액은 제외)에 한도율을 곱한 금액을 한도로 공제한다.

재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자로부터 재활용폐자원 및 중고자동차를 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액의 일정률에 해당하는 금액을 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.
재활용폐자원 등 매입세액공제를 받고자 하는 사업자는 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서와 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출하여야 한다.
매입세액공제신고서에 공급자의 등록번호(개인의 경우 주민등록번호)와 명칭 및 대표자의 성명(개인의 경우 그의 성명)과 취득가액이 기재되어 있지 않거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다.

부가가치세에서 전자신고세액공제를 받는 금액은 영업외수익으로 회계처리한다.

직전 연도의 사업장별 재화 및 용역의 공급가액(부가가치세 면세공급가액을 포함)의 합계액이 3억원 미만인 개인사업자 또는 해당 연도에 신규로 사업을 개시한 개인사업자가 전자세금계산서를 발급한 경우, 발급 건수당 200원을 곱하여 계산한 금액을 해당 과세기간의 부가가치세 납부세액에서 공제할 수 있으며, 공제한도는 연간 100만원으로 한다.
세액공제 전 납부할 세액(예정미환급세액과 예정고지세액은 차감하지 않고 가산세는 포함하지 않은 금액)을 초과하는 경우 그 초과액은 없는 것으로 본다.
세액공제를 적용받으려는 개인사업자는 예정신고 및 확정신고를 할 때 전자세금계산서 발급세액공제신고서를 작성하여 제출하여야 한다.